2019年8月26日
Vincent Libis, Niv Antonovsky, Mengyin Zhang, Zhuo Shang, Daniel Montiel, Jeffrey Maniko, Melinda A. Ternei, Paula Y. Calle, Christophe Lemetre, Jeremy G. Owen & Sean F. Brady
自然通讯10卷，文章编号:3848 (2019)
CONKAT-seq能够在复杂的宏基因组中探索罕见的生物合成基因簇。
摘要
欧宝体育官网网址从环境样本中提取的DNA序列可以为未培养细菌的生物合成潜力提供关键的见解。然而，土壤宏基因组的高度复杂性(每克土壤可包含数千种细菌)给探索土壤微生物组中稀有成员可能产生的次生代谢产物带来了重大挑战。在这里，我们开发了一个靶向测序工作流程，称为CONKAT欧宝体育官网网址-seq(靶向序列的共现网络分析)，用于检测物理聚集的生物合成结构域，这是细菌次级代谢的标志。在高度分割的宏基因组文库中靶向扩增保守的生物合成结构域后，CONKAT-seq评估文库子库中扩增子共现模式，以识别染色体聚簇结构域。我们发现，一个单一的土壤样品可以包含超过1000个非特征生物合成基因簇，其中大多数来自低频基因组，实际上无法通过非靶向测序。欧宝体育官网网址CONKAT-seq允许在多种土壤中可扩展地探索很大程度上尚未开发的生物合成多样性，并可以指导从土壤微生物组的稀有成员中发现新的次级代谢物。
