metaTransfriptomic测欧宝体育官网网址序

随着几十年的基因组学测序领域的经验，CD基因组学致力于提供前所未有的微生物MetaTranscriptom欧宝体育官网网址ic数据。我们在信息丰富的高吞吐量排序器，灵活的测序策略和专业生物信息化管道上保证了信息中的强大专业知识。欧宝体育官网网址

MetaTranscriptomic测序的引入欧宝体育官网网址

metaTranscriptomics是微生物群落宽基因表达的培养无关的分析（包括蛋白质编码和非编码DNA），其能够监测基于RNA的调节，并在给定的样品中表达复杂细菌群体的生物签名时刻和特定条件。它阐明了微生物群落的三个方面，包括基因活性分集，基因表达丰度和差异基因表达分析。基因表达分析可以判断哪些基因在不同条件下表现出的表达水平的最高变化，可能是鉴定生物标志物和表达签名。

尽管梅泰群系向我们展示社区中存在的微生物物种及其基因组潜力，MetaTranscriptomics呈现完整成绩单的功能和活动，以及社区结构。MetaTranscriptomics提供了一种与揭示积极生化功能的MetageNomics相比更具信息丰富的透视，这已成为环境，医学和能源领域的应用以及药物发现领域的重点。欧宝官网app苹果下载

metaTransfradomic测序的优点欧宝体育官网网址

• 一种无培养方法，揭示了微生物多样性的真实程度
• 允许基于功能的活动屏幕
• 比霰弹枪随机测序更具目标欧宝体育官网网址
• 成本效益和有时间效率
• 广泛的应用，包括基础研究，生态应欧宝官网app苹果下载用，临床应用，工业应用等

MetaTranscriptomic测欧宝体育官网网址序工作流程

我们经验丰富的专家团队在每次程序后执行质量管理，以确保自信和无偏的结果。下面概述了MetaTranscriptomic测序的一般工作流程。欧宝体育官网网址从合格样品中的RNA分离后，rRNA耗尽，文库构建，高通量测序和生物信息学分析又进行。欧宝体育官网网址我们可以帮助您根据您的研究旨在提出关于图书馆施工方法，覆盖深度和数据分析策略的决策。

服务规格

	样品要求和准备 样本来源包括环境和临床样本，RNA和cDNA样品 提交的建议的总RNA量为6μg或更大，浓度大于50ng /μl 一般工作流包括样品质量控制，RNA隔离，净化和资格;图书馆施工（包括碎片，末端修复，5'衔接子连接，随机引物标签和RT-PCR）和图书馆资格控制。
	欧宝体育官网网址 Hiseq平台，PE125 / 150 每个样本的5GB原始数据（10G如果包括真核数据） 超过80％的基地，≥Q30质量分数 PacBio的SMRT技术也可用于长片段测序，其提供更准确的连续序列。欧宝体育官网网址
	生物信息学分析 我们提供多种定制的生物信息学分析： 两个装配策略：德诺维装配或映射读取参考基因组 原始数据质量控制，Unigene集群组装和分析 Unigene集群分析包括功能注释（例如Go和Kegg注释），基因表达水平（包括未抗体丰富和覆盖分析，差异表达分析和未核心质量评估），以及结构识别（例如编码SNP，SSR和ORFS） 更多数据挖掘您的要求

分析管道

CD基因组学提供完整的MetaTranscriptomic测序服务包，包括样本标准化，图书欧宝体育官网网址馆构建，Hiseq测序，原始数据对齐，下游生物信息学加工和统计分析。我们可以根据您的研究兴趣定制该管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系，我们的专家非常乐意为您提供帮助。

参考：

1. Warnecke F，Hess M.一种观点：MetaTranscriptomics作为发现新型生物催化剂的工具。中国生物技术杂志，2009,142（1）：91-95。

1. RNA样品的值得注意的问题是什么？

抽样时应严格排除污染。详细地，采样相关仪器和耗材应灭菌和无RNase。新获得的样品应该通过进入液氮来立即冷冻，或直接向我们提交原始环境或临床样品。提交的建议的总RNA量为6μg或更大，浓度大于50ng /μl。

2.您为客户的样品采用什么样的QC方法？

在排序之前，我们将在总RNA样品上进行QC。欧宝体育官网网址我们使用安捷伦生物分析仪来确定RNA完整性（RIN）。如果rin低于8，则样品不会通过QC。图书馆QC也将使用Agilent BioAnalyzer来确定库尺寸和纯度。此外，在加载序列仪上的库之前，我们执行QPCR量化。这是成本包括在排序服务中。欧宝体育官网网址原始数据将通过我们的Q30过滤器，这意味着超过80％的基地，Q30质量得分大于Q30。

3. MetaTransfriptomics有哪些优点？

MetaTranscriptomics是完全微生物转录om的基因组分析，提供关于RNA病毒的全球多样性的特别丰富的数据来源及其进化史。MetaTranscriptomics对传统方法具有若干优点，例如基于病毒颗粒纯化的细胞培养物，共识PCR和Metagenomics方法等传统方法。

MetaTranscriptomics已被证明成功地表征不同无脊椎动物的RNA病毒群体。具体而具体：（i）它揭示了整个RNA病毒体，具有足够的覆盖率，使完全的病毒基因组组装，包括来自传染寄生虫的那些;（ii）它提供了可靠的定量和评估病毒和宿主RNA;（iii）它相对简单，需要最小的样品处理;（iv）它提供了比单独的基因组序列更多的信息，从而允许有病毒多样性和生态学的表征。

参考：

1. 尼科尔·尼科尔森省史密斯·杰等。高分辨率metaTransfriptomics揭示了西澳大利亚蚊子相关RNA病毒的生态动态。病毒学杂志，2017,91（17）：E00680-17。
2. Shi M，张Y Z，Holmes E C. Meta-transcriptomics和RNA病毒的进化生物学。病毒研究，https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.10.01

高分辨率metaTranscriptomics揭示了西澳大利亚蚊子相关RNA病毒的生态动态

杂志：病毒学杂志
影响因素：4.663
发布时间：2017年6月21日

背景

蚊子含有高多样性的RNA病毒，包括许多影响人类健康。虽然许多努力揭示了蚊虫病毒的程度和性质，但这些病毒如何持续，传播和与其宿主和其他微生物相互作用的知之甚少。作者以不同地理位置从不同地理位置的蚊虫物种中生态学的推断特征。

结果

1.蚊子病毒

BLAST分析显示了24个RNA病毒物种的完整基因组，其中在此进行新描述19。对于每个库，病毒物种的数量从1到10变化（表1）。

2.病毒生态学

病毒组成和丰度揭示了差异Culex.和伊蚊genera（图1）。一般来说，伊蚊蚊子涉及较少的病毒。在发现的24种病毒物种中，仅在两个属之间共享Wilkie Qin样病毒（wqlv）和wilkie narna样病毒1（wnlv1）（图2）。

图1.发现RNA病毒的多样性和丰度概述。

图2.宿主物种（a）和地理位置（b）之间的病毒素的相似性。

3.进化分析

作者发现了八个推定的负面感觉RNA病毒和七种双链RNA病毒。发现的阳性感觉RNA病毒与鼻内脉那梅松韦县，内欧德候样病毒，和叶大豆病毒- 相关病毒。作者进行了系统发育分析和基因组特征（请参阅原文，以获取更详细的系统发育信息）。有趣的是，两种病毒（WPLV和WPLv2）与一组真菌称为“未知SP1,2和3”，它们具有匹配的进化历史（图3）。

图3. Wilkie Qin样病毒的匹配树拓扑和一组真菌（COX 1基因）在三个蚊子池中发现。

参考：

尼科尔·尼科尔森省史密斯·杰等。高分辨率metaTransfriptomics揭示了西澳大利亚蚊子相关RNA病毒的生态动态。病毒学杂志，2017,91（17）：E00680-17。