16S / 18S /其扩增子测序欧宝体育官网网址

作为NGS服务和Illumina合作伙伴的领先提供商，CD Genomics提供了一种解决方案组合Metagenomics测欧宝体育官网网址序。16S / 18S /其扩增子测序的特点是欧宝体育官网网址成本效率，高速和实用性，以帮助您识别和研究微生物群落。拥有超过10年的经验，我们可以完全符合您的项目要求和预算，以探索微生物生物多样性。

引入16S / 18S /其扩增子测序欧宝体育官网网址

16S RRNA基因是一种高度保守的组分，是最广泛使用的基因标志物，用于细菌和古痤疮的属性和物种鉴定和分类学意义。高度保险区的估计替代率约为高度保守的替代率高于高度保守的率，其含有基于这些遗传差异的丰富分类信息。因此，从PCR获得的16S基因扩增子可用于基于生物信息学的比对推导出分类学鉴定。

然而，18秒的RRNA通常用于真菌用于系统源性，因为它具有比16S更高的域。除此之外，其（内部转录的间隔）区域（包括5.8s）在核RRNA Cistron的后谱系过程中被广泛地被广泛地被视为普通的真菌条形码标记，用于成功识别最广泛的真菌。与18秒相比，其是更可变的，因此更适合作为测量内部遗传多样性的遗传标志物。

16S / 18S /其扩增子测序现已成为欧宝体育官网网址来自复杂的微生物或环境的样品的微生物鉴定和系统发育的良好方法。除了下一代测序平台，CD基因组学还提供欧宝体育官网网址全长16S / 18S /其Axplicon测序欧宝体育官网网址通过使用PACBIO SMRT测序技术。欧宝体育官网网址

16S / 18S /其扩增子测序的优点欧宝体育官网网址

• 具有保守和可变地区的最常见的家务遗传标记。
• 以快速，成本效率和高精度为特征。
• 多种应用：微生物鉴欧宝官网app苹果下载定，分集分析，分类学和系统发育，新物种测定，微生物和疾病的关系研究，雌噬菌体等

16S / 18S /其扩增子测序工作流程欧宝体育官网网址

我们经验丰富的专家团队和严格的质量控制，以确保全面和准确的结果。和PCR的协议是可选的，以便在您的请求时快速工作流程和卓越的数据质量。整个工作流程的典型周转时间约为30个工作日。

服务规范

	样品要求和准备 样本来源包括人，动物，自然环境和工业环境，以及DNA和PCR产品 样品制备方案包括纯化，定量，QC等。 可提供基于PCR的和PCR的PCR的协议
	欧宝体育官网网址 MISEQ PE300 / PE250或HISEQ PE250 PACBIO的SMRT技术可用于全长16秒/ rRNA测序欧宝体育官网网址 超过80％的基地，≥Q30质量分数 每个样本的30,000 -100,000标签
	生物信息学分析 我们提供多种定制的生物信息学分析： 标签组装和otus聚类 物种注释，物种分析直方图，热图和系统发育树 Alpha多样性，Beta多样性，Meta分析 ......（根据要求）

分析管道

在CD基因组学中，在该地区拥有多个专家和多年的经验，我们为您提供高质量的数据和集成的生物信息学分析。如果您有兴趣使用16S / 18S /其扩增子测序可以做的CD基因组学，请随时与我们联系。欧宝体育官网网址我们非常乐意得到帮助！

1. 16S扩增子测序的哪个区域是最佳的？欧宝体育官网网址

我们为16S / 18S /其扩增子测序提供多个引物组（请参阅额外的资源以获取详细信息），其基于科学论文。欧宝体育官网网址没有结论底漆集是最佳的。根据一些论文，16S的V4区域相对适合于微生物群落中的分集分析。

2.与MISEQ平台相比，HISEQ平台有哪些优势？

与MISEQ平台相比，HISEQ平台可以获得更准确的序列（HISEQ 2500系统以较高的吞吐量方式产生高于Q30的基础的85％）。并且具有高GC含量和/或高重复率的高变区域中的装配效率增加了25％。

3.是否需要复制样品？如果是这样，有多少是合适的？

考虑到各个差异，统计误差和偏离样本，更合格的结果是必要的。通常，需要至少三个复制的样本，并且五个更好。至于具有高特异性的样品，如粪便，建议超过10个样品。

3.它或18S扩增子测序钳工，用于真核微生物的分集分欧宝体育官网网址析吗？

通常，其扩增子测序对于在物种注释中具有高精度的真欧宝体育官网网址菌多样性的研究，而18S扩增子测序旨在瞄准基核微生物的多样性，这提供了更广泛的物种注释，精度相对降低。如果您几乎不知道如何选择，我们经验丰富的科学家将密切合作，在项目设计中提供帮助。

4.扩增子测序和聚焦测序有哪些差异？欧宝体育官网网址

扩增子测序采用通用欧宝体育官网网址标记，例如16s，18s，及其，为环境样品或临床样本中的生物多样性分析提供成本效益和时间效率的解决方案。除了生物多样性分析之外，Metagenomics测序侧重于生物学功能和代谢途径。欧宝体育官网网址

16S RRNA扩增子测序识别与口腔欧宝体育官网网址癌，人乳头瘤病毒感染和手术治疗相关的微生物群

期刊：onCotarget.
影响因素：5.168
发布时间：2016年5月30日

背景

之前的研究表明，唾液中的微生物标记可用于诊断和预测一些健康状况，例如口腔腔。细菌在HNSCC（头部和颈部鳞状细胞癌）癌症中的作用尚未划定，但腹股沟和口腔肿瘤肿瘤部位的细菌存在持续存在引起了问题。

材料与方法

结果

1.多样性分析

如图1所示，β分集分析来自对照样品的HNSCC。PCA（主要成分分析）表明，HNSCC患者的微生物群落与对照样品中的微生物群落显着不同。NMD揭示了HPV-口咽样品中的微生物群落与HPV-口腔患者的微生物群落显着不同。

图1. PCA使用NMDS的PCA多样性比较，具有欧几里德距离，从对照样品中区分HNSCC。

2.分类档案

13鉴定了分配的Phyla，在所有样品中有5个主导：责任那proteobacteria.那伯啉那actinobacteria.， 和fusobacteria.。属级型材展示了一系列主导地位链球菌和Pvototella.在所有样品中。在HNSCC样品和对照之间观察到一些差异。

图2. Phyla和属水平的分类型谱。

3.富集乳酸杆菌和链球菌在HNSCC.

OTU分析和lefse算法确认了丰富的富集乳酸杆菌和链球菌在HNSCC样品中与对照相比。

•OTU网络

图3中描绘的OTU网络显着辨别来自正常样品的HNSCC样品，以及HPV阳性样品的HPV阴性。总丰富的丰富链球菌那拨号， 和veillonella.在肿瘤样品和对照样品中具有不同的优势。

图3. OTUS网络从正常样品中显着辨别HNSCC样本。

图4与对照样品相比，HNSCC中的差异富集的微生物液。

•lefse.

效果大小（Lefse）算法的线性判别分析OTU表的算法确认了重要的富集乳酸杆菌和链球菌在HNSCC样品中与对照相比。在用化疗治疗和手术（CRT /手术）治疗的患者中仅对患者进行手术治疗的患者之间观察到唾液微生物组的显着治疗差异。

图5. LDA效应大小（lefse）算法用于确定每个生物类最佳表征的分类群。

•所选样品的纵向分析

纵向分析表明，每个患者在每一点之间存在差异丰富的分类群。减少了链球菌增加乳酸杆菌随着TNM阶段的进展。

图6.基于采样网站，HPV状态和TNM分期的HNSCC患者的时间序列分析。

结论

结果提供了关于唾液微生物组和头部和颈部癌，HPV状态和治疗之间的关系的有趣和初步数据。它表明丰富的存在乳酸杆菌或者失去血统那奈梅里亚那gemellaceae.要么eggregatibacter在唾液中可能是HNSCC癌症的生物标志物。HPV + HNSCC肿瘤的潜在生物标志物可包括veillonella.那Megasphaera.和Anaerolineae.。

参考：

Guerrero-preston r，等。16S rRNA扩增子测序识别与口腔欧宝体育官网网址癌，人乳头瘤病毒感染和手术治疗相关的微生物。oncotarget.，2016,7（32）：51320。