Metagenomic霰弹枪测序欧宝体育官网网址

作为一名经验丰富的NGS服务提供者和Illumina的合作伙伴，CD基因组学致力于提供合格的偏见霰弹枪测序服务。欧宝体育官网网址霰弹枪代理测序允许以经济高效且时间效率的欧宝体育官网网址方式进行分类和生物功能表征多元群落。我们始终如一地提供高质量的数据，并根据客户要求提供具有灵活性和生物信息化分析的高质量数据。

均衡霰弹枪测序引入欧宝体育官网网址

微生物在大自然中存在。研究表明，微生物对这些环境至关重要，并在生态系统中发挥重要部分。它引起了对复杂微生物群落的分类组成的解释。霰弹枪排序已被证欧宝体育官网网址明是一种使用随机碎片的快速测序策略。Metagenomic霰弹枪测序是一种快欧宝体育官网网址速而强大的工具，用于获得微生物群落内所有生物体中的所有遗传信息。

Metagenomic霰弹枪测序靶向环境欧宝体育官网网址样品中含有的微生物遗传信息。获得的社区分类型材可以进一步与已知和未知的生物体谱系的功能性概况相关联。序列基因组中的蛋白质编码基因和完整操纵子的完整序列可以为在研究中居住的微生物社区提供无价的功能知识。Metagenomic霰弹枪测序可以提供欧宝体育官网网址有关潜在的新型生物催化剂或酶，功能和系统发育之间的基因组键的遗传信息，社区功能和组成的进化谱等等。16S / 18S /其扩增子测序欧宝体育官网网址是Metagenomics研究的另一种选择。但这种方法仅解释了微生物生物多样性，没有洞察的功能。

偏见霰弹枪测序的优点欧宝体育官网网址

• 培养独立
• 经济高效，节约效率
• 提供有关社区生物多样性和功能的全面信息
• 在无数领域的广泛应用，包括食品和欧宝官网app苹果下载医疗产业，环境和疾病研究以及生物标志物研究。

Metagenomic霰弹枪测序工作流程欧宝体育官网网址

我们经验丰富的专家团队在每次程序后执行质量管理，以确保全面和准确的结果。下面概述了Metagenomic霰弹枪测序的一般工作流程。欧宝体育官网网址简而言之，通过DNA碎片构欧宝体育官网网址建测序文库，然后用Illumina Hiseq PE150策略测序剪切的DNA片段。通过移除适配器，宿主基因组序列和低质量数据来处理原始数据。

服务规范

	样品要求和准备 样本来源包括粪便，自然环境，以及DNA样本 涉及DNA分离，纯化，定量，QC等的样品制备方案 DNA量≥3μg（波动≥30ng/μl;体积≥30μl，OD260 / 280 = 1.8〜2.0）
	欧宝体育官网网址 Hiseq平台，配对端150 BP 每个样本产生至少5-10 GB的原始数据 超过80％的基地，≥Q30质量分数 PacBio的SMRT技术可用于长片段测序。欧宝体育官网网址这种混合方法提供更准确和连续的序列。
	生物信息学分析 我们提供多种定制的生物信息学分析： 我们的标准分析包包括DNA组装，样本复杂性分析，函数注释，α和β多样性分析，基因预测（Kegg，Go，Cog等），分类注释，MPATH，热带，PCA和PCOA分析，Krona，Cluster分析，metastats和og-taxa等。 我们的高级分析包包括MRPP，Anosim，NMDS（非金属多维缩放），CCA / RAD和lefse（LDA效果大小）等。

分析管道

在CD基因组学中，我们经验丰富的专家将与您密切合作，以帮助根据具体研究问题确定最佳排序策略。欧宝体育官网网址随着最先进的排序平台和多年的行业经验，我们为您提供高欧宝体育官网网址质量的数据和集成的生物信息学分析。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系，我们的专家希望解决您的问题。

1.如何准备土壤和粪便样本？

土壤样品：收集5-20厘米的土壤土壤样品，去除可见根，并用2毫米网筛分土壤。将三个筛分的土壤样品与三个位点混合为一个样品。将其存放在灭菌管中并将管子放在-20℃以下。

粪便样本：将粪便储存在-80℃以下。经验上，新鲜的粪便有助于分离优选的DNA。

2.如何避免宿主DNA污染？

宿主DNA污染可能会影响以下生物信息学分析，特别是当宿主没有参考基因组时。因此，采样时需要注意的一些问题。尽量不要接近组织。使用相关试剂盒进行DNA隔离。如果宿主有参考基因组，则通过序列对准分析去除宿主DNA污染。

3. 16S扩增子测序约为什么？欧宝体育官网网址

16S扩增子测序是偏离心元研究的替欧宝体育官网网址代选择，因为它揭示了从一系列环境中的微生物多样性和丰富，包括土壤，弹簧，海洋，根和人体肠道。虽然强大的扩增子测序有其局限性。欧宝体育官网网址首先，16S扩增子测序将产生与PCR相关的各种偏欧宝体育官网网址差，进一步导致多样化的多样化估计。其次，测序误差和欧宝体育官网网址不正确的组件可以产生人造序列，即嵌合体。第三，16S扩增子只能为多发性群体的分类组成提供洞察力，同时不能说明生物学功能。

参考：
Sharpton T J.分析霰弹枪偏心数据的介绍。植物科学的边界，2014,5。

Shotgun Metagenomic测欧宝体育官网网址序显示淡水海滩沙子作为细菌病原体的储层

杂志：水研究
影响因素：6.942
发布时间：2017年5月15日
作者：Mahi M. Mohiuddin，等。，聘请麦克马斯特大学，汉密尔顿，加拿大汉密尔顿隶属

背景

休闲水可能受到相邻砂的严重影响，其中细菌浓度可以比相应水的细菌浓度高10-100倍。最先前的研究已经使用16S扩增子测序，在物种水平下具有有限的分辨率和无法预测生物学功能。欧宝体育官网网址它表明，需要更全面的这些休闲水位。

材料和方法

结果

1，社区复杂性和多样性

稀疏分析（图1）表明沙子样品中的分类学富集高于水样中的富集。香农多样性透露，湖泊之间的多样性指数没有显着差异，但砂样的巨大差异。

图1.针对功能和分类作业进行了稀疏分析。功能分配没有高原，并且随着使用更大的子集，展出了更大的特征发现。除了伊利湖长滩水域的水域之外，分类学分配和充分捕获的细菌多样性。

2，分类组成

砂和水样之间的超级卓越度的组成无显着差异。但场域水平的分类组成显示出显着差异（图2）。植物体外是在砂样中最多的位点上最主要的群体。其他主要的Phyla是菌斑，蓝藻，疣状病症，压缩和平分霉菌。另外，在水样中没有观察到一些未分类的植物。所有的沙子样本都含有比相应的水环境更广泛的诸如诸如相应的水环境（表1）的分类群。

图2.门静脉水平的分类组成。

3，功能

有趣的是，文物组合物的差异没有对由种子子系统分类确定的功能能力的影响。在所有样品中最大的丰富检测到隶属致大分子加工和新陈代谢的功能。但是有些不同的差异在更具体的功能的情况下。两种海滩环境之间的一种差距是富集在水中砂和硫氧化的硫含量有关的富集，这表明两种社区之间的硫利用二分法。在其他功能中，还以孢子形成，氮化应激和氢酶的遗传能力检测到其他差异。

图3.在海滩环境之间表现出差异丰富的功能。

4，潜在的人类病原体和淡水海滩中的粪便指标

在水和海滩砂中检测到总共34个病原体和粪便指标。最丰富的物种是大肠杆菌。伪米莫纳斯门茂迪纳和假单胞菌铜绿假单胞菌两种环境也相对丰富，在沙子样本中显着升高。还检测到几种低丰度病原体Clostridium.属，有Clostridium botulinum.在水中表现出显着的富集。审查的大多数网站都有存在张楣SPP。在水中但不在沙子里。

图4.许多病原体在海滩环境之间表现出差异丰富。

结论

1. 它表明，可以使用霰弹枪代理测序来检测病原体，如通过对关键病原体的检测到序列欧宝体育官网网址同源性的检测证明，不容易被其他传统方法检测到。
2. 与相应的水域相比，数据确认在后岸砂中，丰富和多样性显着提升。
3. 在广泛水平的分类组合物方面，海滩沙子和水之间观察到主要差异。

参考
Mohiuddin，M.等。Shotgun Metagenomic测欧宝体育官网网址序显示淡水海滩沙子作为细菌病原体的储层，水研处，2017，DOI：10.1016 / J.Watres.2017.02.057。