DNA 6mA测欧宝体育官网网址序

DNA 6MA测序的引入欧宝体育官网网址

DNA甲基化被牵引为真核生物中各种重要过程中的表观遗传标记。5-甲基胞嘧啶（5MC）是真核生物中最主要的DNA甲基化修饰，并且已被视为最佳表征的表观遗传标记。先前认为，N6-甲基腺嘌呤（6mA）仅存在于原核生物，单细胞真核生物和植物中。近年来，DNA中的6mA被定义为较高真核生物中的另一种重要的表观遗传和eAtranceMic标志物。在各种癌细胞（未发表的数据）中也报告了6MA水平的显着降低。

CD基因组学使用多种策略来验证基因组甲基化状态和丰富的单个6MA位点。PACBIO和NON欧宝体育官网网址APORE开发的长读序列可用于检测不同基因组中的6mA。6MA DNA免疫沉淀，然后深序（DIP-SEQ）是另一个关键工具o识别含有6mA的基因组欧宝体育官网网址中的区域。

方法

长读取测序有显着促进欧宝体育官网网址6mA的基因组分布，可以实现单核苷酸分辨率。由于6mA的绝对丰度相对较低，因此需要高于100倍的足够覆盖率。SMRT测欧宝体育官网网址序允许直接检测DNA模板中的修饰核苷酸，包括6mA，5MC和5-羟甲基甲基胞嘧啶，并且不会对伯DNA序列的测定产生不利影响。使用RS修改和基序分析识别基础修改（6mA）。

图1.同时集合数据包括DNA修改

样本要求 需要至少10μgHMW DNA。

6MA DNA免疫沉淀，然后由用于检测RNA中的腺苷甲基化的现有方法产生深度测序（6mA 欧宝体育官网网址DIP-SEQ）。我们开发了该方案，并调整了DNA中6mA的检测。在该方案中，提取基因组DNA，碎片化，然后用识别基因组DNA中6mA的抗体向下释放含有6mA的DNA。在随后的洗涤之后，消除不含6mA的DNA片段，并且从抗体洗脱6mA的片段以进一步处理以进行后续分析。

图2. 6MA DNA免疫沉淀的插图

样本要求 需要至少5μg的gDNA。DIN值≥7.0。

可交付成果

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参考：

1. Koziol MJ，等等。DA6M DNA免疫沉淀鉴定基因组DNA中甲基化脱氧腺苷。生物protoc。2016年11月5日; 6（21）。
2. 川乐肖，等等。人N6-甲基二氧基腺苷的单核苷酸分辨率测序揭示了与线粒体基欧宝体育官网网址因组上的SSBP1相关的链不对称簇。核酸RES。2018年12月14日; 46（22）：11659-11670。