由Agena Bioscience（以前Quencom Inc.）提供的DNA甲基化分析技术，Epiteper MassArray是今天可用的最可靠的定量方法之一，用于DNA甲基化分析。EpiTyper是一种基于MALDI-TOF的质谱基硫酸氢盐测序方法，其能够以定量和高通量的方式实现特异性DNA甲基欧宝体育官网网址化分析。该技术从200 - 600 bp中询问10S-100S的基础上的样本和CPG位点，并检测到甲基化的5％差异。特别适用于研究候选地区的更大规模努力或从基因组DNA甲基化研究中验证区域。
工作流 - 从测定设计到结果
Epityper生物化学从基因组DNA的亚硫酸氢盐处理开始，然后进行靶区域的PCR扩增。反向引物含有T7启动子标签。接下来，进行体外RNA转录，然后进行基础特异性RNA切割。最后，使用MALDI-TOF质谱法（MassArray分析仪）分析切割产品。原始基因组DNA中的甲基化和非甲基化胞嘧啶残基易于使用精液软件来易于区分。
第1步：测定设计
Epideigner是在马萨诸塞州DNA甲基化实验的在线自动化设计工具。只需输入目标序列，软件确定最完整的DNA覆盖的底漆设计。除了优化的引物序列之外，Epideigner还提供了在目标区域上设计的扩增子的易于读取的图形解释，以及注释分析覆盖的不同CPG位点。
第2步：亚硫酸氢盐治疗
基因组DNA（GDNA）用亚硫酸氢盐处理，导致所有未甲基化胞嘧啶的转化率，而甲基化胞嘧啶仍未受到影响。
第3步：PCR，体外转录和RNA切割设计
Epityper测定使用T7-启动子标记的反向引物开始PCC，以在保持亚硫酸氢盐诱导的序列变化的同时扩增靶区域。
虾碱性磷酸酶治疗后，在体外进行转录以丢弃在PCR期间加入的T7启动子用于从反向链中递断PCR产物，得到单链RNA产物。该RNA产物在尿嘧啶残留物处用RNase A裂解。
第4步：数据采集和分析
将Epityper反应产物分配到Spectrochip®阵列（芯片）上。然后将芯片置于MALDI-TOF（基质辅助激光解吸电离时间的飞行）质谱仪中，用于数据采集，这通常需要15-60分钟。结果将自动加载到数据库中，用于使用Epityper软件进行数据分析。
光谱上的矩阵吸收激光的能量并将其转移到随后被电离的RNA片段中。在电场的影响下，在质谱仪的飞行管的末端到达检测器的时间分离电离片段。飞行时间随着较高质量而增加。含有一个或多个CpG二核苷酸的片段称为CPG单元。如果将CPG二核苷酸甲基化并保护从亚硫酸氢盐转化，则当CPG二核苷酸甲基化时，相应的RNA片段，CPG单元将在质量较重，导致质谱中的16DA偏移。由质谱仪检测的信号用于任一碎片的信号与片段的数量成比例。通过质谱中的相应峰的表面积量化片段的数量。通过将表示甲基化片段的峰的表面积除以甲基化和未甲基化的片段的峰的总表面积来计算给定CpG的DNA甲基化百分比。
主要特点和优点
| 效率 | 精确准确 | 敏感的 | 成本效益 | 简单的工作流程 |
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