细菌全基因组德诺维欧宝体育官网网址

CD基因组学提供PACBIO单分子实时（SMRT）测序，以增加您的细菌全基因组测序的研究方法。欧宝体育官网网址细菌基因组的全面视图，包括基因，调节区，是元素，噬菌体整合位点和基础修饰对于了解抗生素抗性，毒力和代谢等关键特征至关重要。

SMRT测欧宝体育官网网址序生产长读数（平均> 15,000 bp，一些读取> 100,000 bp）和最高的共识准确性。它对基因组特别有用德诺维集会。众所周知，DNA的重复延伸丰富，是妨碍准确排序和基因组装配努力的主要技术挑战之一。欧宝体育官网网址在细菌的情况下，RRNA基因操纵子通常是重复序列的最大区域，并且尺寸范围为5至7kb。微生物全基因组测序欧宝体育官网网址通过Illumina Hiseq平台通过合成技术进​​行测序，其受到其读取欧宝体育官网网址长度的限制，目前在50〜300bp的范围内，并且在测序之前需要PCR扩增多个DNA模板，因此可能偏离的基础组合物偏差序列的G + C含量。

SMRT长读数的优点，可以克服GC异常的问题和细菌基因组的高重复，通常组装成单个角色。在所有组装中，PACBIO组件回收了最多数量的核心和毒力蛋白，以及基于全基因组多点序列打字的内政基因。实现完整的装配或精细地图更容易，并帮助您快速推进您的研究，以探索遗传结构和功能。

项目工作流程

我们经验丰富的专家团队通过遵循每个程序来执行质量管理，以确保全面和准确的结果。下面概述了细菌全基因组测序的一般工作流程。欧宝体育官网网址

• 示例金额建议

1. DNA量：≥5μg
2. DNA纯度：OD260 / 280 = 1.8〜2.0而不会降解和RNA污染

• 欧宝体育官网网址测序策略：2-20 kB库，≥60x基因组覆盖深度

分析管道

在CD基因组学，我们正在使用长读PACBIO续集平台来支持与细菌单词的研究人员德诺维全基因组测序需求。欧宝体育官网网址我们的生物信息学分析包括：基因组组装和抛光，基因预测，基因组注释和比较物种基因组分析。
作为熟练排序的最着名的行业领导者之一，CD基因组学不仅专注于开发尖端技术，而且愿意与客户分享我们最先进的平台和足够的专业知识欧宝体育官网网址，以促进他们的辉煌学习。我们保证为客户提供最佳服务和CD基因组学的最佳结果。

1.可以使用哪些指标来评估细菌基因组组件？

基因组组件的质量的常见指标包括支架N50，N％，支架数和碱基对的总数。

2.如何实现零间隙？

目前，通过使用Illumina Hiseq和PACBIO SMRT系统的组合来构建大于90％细菌菌株的完整序列图。PACBIO RS II系统甚至可以在高或低GC含量的区域以及重复序列中实现完全基因组组件。通过Sanger测序数据可以实现其余10％细菌菌株的完整序列图。欧宝体育官网网址CD基因组学已完成数百种细菌基因组装配案例而无差距。

PACBIO但不是Illumina技术可以实现快速，准确，完全关闭高GC，复杂Burkholderia pseudomallei两种染色体基因组

背景

Clostridium Autoethanogenum菌株JA1-1（DSM 10061）是能够发酵CO，CO 2和H 2（例如从合成气或废气）的乙酸酯，进入生物燃料乙醇和商品化学品，例如2,3-丁二醇。由100个Contigs组成的基因组序列草案已发表。

结果

关闭，高质量的基因组序列C. autoethanogenum.仅使用PACBIO测序生成DSM10061以实现“0间隙”组装，而无需手动整理。欧宝体育官网网址但使用Illumina和454个测序平台获得的基因组中仍然存在许多间隙。欧宝体育官网网址C.Autoethanogenum.和C. Ljungdahlii在16S rRNA基因水平上难以区分，并且具有高分性的相似性。通过全基因组测序，发现TRISPR系统，氢欧宝体育官网网址酶和两者之间的其他方面存在显着差异，这难以通过第二代测序来检测。

参考

表1应变DSM 10061的装配统计信息


图1. DSM10061基因组组装的比较。

参考：

布朗，S.D .;等。单分子测序和杂种方法的比较完成基因组欧宝体育官网网址Clostridium autoethanogenum.工业相关梭菌中CRISPR系统分析。生物燃料生物技术。2014,7（2）：27-27。