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真菌全基因组de novo测序欧宝体育官网网址

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CD基因组学提供真菌全基因组测序欧宝体育官网网址PacBio续集系统为遗传结构和功能提供更多洞察力。我们最好的知识,练习和经验。

真菌全基因组的引入德诺维欧宝体育官网网址

真菌在生物圈中发挥重要作用,与人类生活密切相关,具有重要的医疗和经济价值。真菌参与了各种各样的活动 - 一些真菌是其他生物的分解器,寄生虫或病原体,其他真菌是动物,植物或藻类的有益伙伴。一些真菌以各种方式影响人类健康。真菌也是抗生素的主要来源,例如青霉素来自真菌青霉素。

获得真菌全基因组序列是真菌研究的基础,并更好地了解真菌生物多样性,生长,营养,生理学,遗传学,新陈代谢和生态学。因此,已经测量了数百种真菌基因组,并且今天公开可用,尽管这些措施通常含有大量碎裂的基因组组件,但它们通常缺乏大规模的基因组区域。许多重要的基因组特征包含在通常在当前基因组组件中缺失的代际DNA中。

为了解决这个问题,CD基因组学介绍了PACBIO平台。本机使用单分子实时(SMRT)检测技术,实现各种聚合酶分子的实时排序。欧宝体育官网网址SMRT检测基于零模式波导(ZMWS)的性质,由与纳秒限制结构结合的DNA聚合酶组成。该技术不需要扩增基因组DNA,其解决了第二代排序技术的主要问题之一;欧宝体育官网网址因此,导致最小程度的偏差和较长的读取长度(平均> 15,000bp,一些读取> 100,000bp)。随着PacBio系统上的SMRT测序的长读,我们可以生成欧宝体育官网网址完整的德诺维真菌基因组的组装达到或近似0间隙或基于N基误差,CONTIG N50> 1 MB,精度为99.999%。此外,我们提供微生物全基因组测序欧宝体育官网网址通过使用下一代测序。欧宝体育官网网址

项目工作流程

我们经验丰富的专家团队通过遵循每个程序来执行质量管理,以确保全面和准确的结果。真菌全基因组测序的一般工作流程下面概述。欧宝体育官网网址

样品要求:

DNA量:≥10μg
DNA纯度:OD260 / 280 = 1.8〜2.0而不会降解或RNA污染

欧宝体育官网网址测序策略:

20 KB库,≥60X基因组覆盖深度

数据分析

  • 基因组组装
  • 基因预测
  • 基因注释
  • 比较物种基因组分析

分析管道

PACBIO是第三代序列仪,是高度稳健的,并且成本效益,并且应该是测序真菌基因组中的选择平台,特别是对于众所周知的那些是难以序列的选择。欧宝体育官网网址CD基因组学拥有丰富的经验,提供真菌整体基因组测序服务。欧宝体育官网网址请联系我们获取更多信息和详细报价。

*仅供研究使用。不用于诊断过程。
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