作为NGS服务和Illumina的合作伙伴的领先提供商，CD基因组学致力于为表观遗传研究提供解决方案组合。以小的样本量要求为特征，高分辨率，效率和经济性，靶向亚硫酸氢盐测序是靶向基因组区域的甲基化状态分析的可行工具。欧宝体育官网网址拥有超过10年的专业经验，我们可以完全满足您的项目要求和预算探索甲虫。
引入靶向亚硫酸氢盐测序欧宝体育官网网址
DNA甲基化，最常发生在CpG位点的胞嘧啶，在基因表达和调节中起重要作用。能够精确地检测和评估DNA甲基化，有效地有助于提高我们对发展和疾病中DNA甲基化的理解。尽管全基因组亚硫酸氢盐测序欧宝体育官网网址鉴定甲基化胞嘧啶在全基因组规模上，靶向亚硫酸氢盐测序是目标区域的DNA甲基化分析的准确，高效，经济的技术，其可包括含有捕获CPG岛的预先设计的寡核苷酸的欧宝体育官网网址平台的杂交基础，基因启动子和其他显着的甲基化区域，或基于PCR的步骤，以在单一反应中扩增多个亚硫酸氢盐转化的DNA区域。有商业设计设计的捕获文库可提供各种表观遗传特征，其覆盖约12％至24％左右的全部基因组CPG。此外，特定引物设计用于捕获感兴趣的区域并评估特异性特异性DNA甲基化变化。
靶向亚硫酸氢盐测序的优点欧宝体育官网网址
有针对性的亚硫酸氢盐测序工作流程欧宝体育官网网址
我们经验丰富的专家团队和严格的质量控制后，每个程序都会确保全面和准确的结果。在靶向亚硫酸氢盐测序的过程中，基因组DNA是使用特定设计和验证的引物或探针欧宝体育官网网址的亚硫酸氢盐转换和多重扩增，扩增子通过条形码和涂布器汇集。然后用Illumina HiSeq平台进行扩增子文库。欧宝体育官网网址
服务规范
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样品要求和准备
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数据分析 我们提供多种定制的生物信息学分析：
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分析管道
CD基因组学提供高质量的数据和集成的生物信息学分析靶向亚硫酸氢盐排序的服务，包括亚硫酸氢盐转换，引物/探针设计和验证，杂交/ PCR扩增，文库制备，DNA测序和数据分析。欧宝体育官网网址CD基因组学使用商业设计的捕获阵列和定制设计的捕获库来充分满足您的研究目标。有关更多信息，请随时与我们联系。我们期待在不久的将来与您合作。
参考：
Ziller M. J.等人。靶向亚硫酸氢盐测序动态DNA甲膜。欧宝体育官网网址表观遗传学和染色质，2016,9（1）：55。
1.当您应该选择有针对性的Bisulfite测序时？欧宝体育官网网址
靶向亚硫酸氢盐测序技术将亚硫酸氢盐转化与目标扩增的嗜硫酸氢盐转化结合在一起欧宝体育官网网址，以及下一代测序。它是一种快速高效的工具，用于分析高达10kb的靶向基因组区域，一次最多96个样品。结果为单碱分辨率提供了胞嘧啶甲基化的绝对定量。此外，该方法可用于确认从全基因组亚硫酸氢盐测序，降低的表示亚硫酸氢盐测序和甲基化DNA免疫沉淀测序获得的结果。欧宝体育官网网址靶向亚硫酸氢盐测序允许更好地测定SNP欧宝体育官网网址和甲基化状态事件，并更好地了解人类疾病。
2.与甲基化测序的其他技术相比，靶向亚硫酸氢盐测序的优点是什么？欧宝体育官网网址
与全基因组甲基化分析研究相比，仅选定的候选地区的甲基化检测是一种更加可行的方法，使得甲基化分析更加可行并且可以在不同的环境中获得。有针对性的亚硫酸氢盐测序显着提高了数据欧宝体育官网网址吞吐量并带来了成本。同时，它还能够检测不能通过RRB（减少的代表亚硫酸氢盐测序）或免疫沉淀方法检测地区的甲基化状态。欧宝体育官网网址靶向亚硫酸氢盐测序已广泛应用于靶区域大欧宝体育官网网址样品队列的甲基化测序和验证。
3.如何设计适当的探针或引物？
靶向亚硫酸盐测序的成功应用主要取决于探针和引物的适当设计。欧宝体育官网网址有很多有效的工具，用于以自动方式生成探针或引物，例如ppdesigner（http://genome-tech.ucsd.edu/public/gen2_bspp/ppdesigner/ppdesigner.php）和primegensw3（http：//primegens.org）。在获得许多探针候选者或引物候选者之后，验证过程对于选择最佳最佳的验证过程很重要。
4.有针对性的亚硫酸氢盐测序的工作流程是多少？欧宝体育官网网址
图1中描绘了基于PCR的靶向亚硫酸氢盐测序的工作流程。作为基于杂交的靶向亚硫酸氢盐测序，可欧宝体育官网网址以通过杂交类天然DNA的亚硫酸氢盐转化或通过转化的DNA的杂种选择来进行。后一种方法现在是商业上可用的，其特征在于靶心特异性，降低DNA输入要求，以及将C与u Bisulfite转化的能力从C到T SNP进行区分。
图1. PCR基靶向亚硫酸氢盐测序的工作流程。欧宝体育官网网址
参考：
1. Ziller M J，Stamenova E K，Gu H等。靶向亚硫酸氢盐测序动态DNA甲膜。欧宝体育官网网址表观遗传学和染色质，2016,9（1）：55。
2. Lee E J，Pei L，Srivastava G，等。通过溶液混合选择和大规模平行测序测序靶欧宝体育官网网址向亚硫酸氢盐测序。核酸研究，2011,39（19）：E127-E127。
3. Masser D R，Stanford D R，Freeman W M.通过下一代测序靶向DNA甲基化分析。欧宝体育官网网址[可视实验CHINESS：JOVE，2015（96）。
靶向甲基化测序显示出在帕金森病中的失调WN欧宝体育官网网址T信号传导
杂志：遗传学和基因组学杂志
影响因素：4.051
发布时间：2016年10月20日
背景
环境和遗传因素在帕金森病病因中起着至关重要的作用。目前，我们已理解，许多环境毒素促进了人类和动物的帕金森主义。然而，我们对帕金森发病机制遗传环境与遗传学之间的潜在相互作用。因此，张等。应用靶向亚硫酸盐测序和免疫组织化学方法，以研究潜在的环节。欧宝体育官网网址
结果
1，靶向亚硫酸氢盐测序显示Wnt信号传导中欧宝体育官网网址基因的甲基化增加
它们设计了一组大约97,000个挂锁探针，涵盖了16,379个验证的组织差异甲基化区域（T-DMR），所有已知的和预测的人体印迹基因和X染色体上所有基因的转录开始点。k平均聚类分析产生336个非重叠DMR，其中映射到已知基因。与健康供体相比，这些区域（230/233）的大多数（230/233）显示了PD脑组织中甲基化水平升高。有一种显着的富集在WNT信号传导和神经发生中涉及的基因。
2.在PD患者的大型NIGRA中减少WNT信号传导中基因的检测
与匹配对照的PD患者显着降低了Midbrain Da神经元中的FoxC1，NGN2，Spry1和β-catenin的水平。定量分析显示，随着这些基因的可检测或未可检测到的细胞的显着增加。相比之下，Pd患者和对照的DA神经元中NEDD8的水平仍然相似，表明PD患者的中脑死中的这些蛋白质的检测降低了特异性。在PD患者皮质组织中对FoxC1和Spry1进行了类似的观察结果及其匹配对照。然而，在PD患者的皮质组织和匹配对照的皮质组织中检测到NGN2和β-Catenin的几乎没有变化。
图1. FOXC1，NGN2，SPRY1，β-连环素和NEDD8的免疫检测。
图2。定量分析显示，随着这些基因的可检测或未可检测到的细胞的显着增加。
图3. FOXCL，NGN2，SPRY1，β-catenin和NEDD8的免疫检测人类皮质中的免疫检测。
3.用PD神经毒素MPP +处理的细胞中WNT信号传导的下调
MPP +治疗的功能注释分析表明，在二硫键，细胞膜，神经系统过程，防御反应，细胞粘附，细胞凋亡，凋亡的阳性调节和迁移调节中，富集功能的富集性富集。MPP +诱导的下调注释簇包括在二硫键，分泌，细胞外基质，质膜，WNT信号传导和刺猬信号中起作用的基因。结果进一步支持在神经毒素诱导的帕金森主义中受到WNT信号传导的观点。
参考：
张立，杰迪，钱P，等。靶向甲基化测序显示出在帕金森病中的疑难解失欧宝体育官网网址常的WNT信号传导。遗传与基因组学杂志，2016,43（10）：587-592。
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