芯片SEQ.

CD基因组学专用于生产高质量的芯片SEQ数据集，以帮助您以基因组的尺寸为组蛋白修饰，结构蛋白质，转录因子和其他DNA相关蛋白的DNA靶标。

芯片SEQ的引入

CHIP-SEQ（染色质免疫沉淀序列）是指结合位点分析的一种方法是分析DNA-蛋欧宝体育官网网址白质相互作用的方法。该技术将染色质免疫沉淀（芯片）与NGS结合以鉴定DNA与相关蛋白质结合的位置。它可用于在整个基因组中定位任何感兴趣的蛋白质的结合位点。芯片SEQ通常用于确定转录因子和其他相关蛋白质如何影响表型机制。确定蛋白质如何与DNA相互作用以调节基因表达至关重要，以完全理解许多生物过程和疾病状态。Chip-SEQ是一种有价值的工具，用于辨别和量化特定的DNA序列，其中存在蛋白质结合或表观遗传修饰，它在应用中发挥了有价值的作用，包括关于基因调控，转录复合组装，DNA修复，组蛋白改性，发育机制，疾病的研究欧宝官网app苹果下载进展和修改。

欧宝官网app苹果下载应用程序：

• 基因调节
• 转录复杂组件
• DNA修复
• 组蛋白修饰
• 发展机制
• 疾病进展

芯片SEQ的优点

• 非常高的质量和高分辨率测序欧宝体育官网网址：可以在基因组中获取数百万序列标签和罕见的蛋白质结合位点，鉴定新的富集位点。
• 成本效益：一次运行的多个样品的快速和高效的基因组分析，并且仅使用芯片芯片所需的DNA的1/100。
• 综合分析：利用广泛接受的软件和最新的芯片 - SEQ的峰值注释，功能分析和数据可视化程序

CHIP-SEQ工作流程
典型的芯片-SEQ工作流程如下所示：

服务规格

	样品要求和准备 样品类型：碎片DNA DNA量：≥50ng，DNA浓度：≥10ng/μl，DNA体积：≥10μl OD260 / 280 = 1.8〜2.0而不会降解或RNA污染
	欧宝体育官网网址 Illumina Hiseq SE50或Hiseq PE150 150-300 BP插入尺寸范围用于DNA文库制备 ≥10m清洁读取（转录因子），≥20m清洁读数（组蛋白）
	生物信息学分析 数据质量控制 与映射统计的参考基因组对齐 峰值呼叫和注释 差分峰值注释 峰相关基因的功能分析 主题预测 途径分析 可视化结果

生物信息学工作流程

可交付成果

• 原始排序数据欧宝体育官网网址
• 实验结果
• 数据分析报告
• 芯片SEQ的详细信息，用于您的写作（定制）

在CD基因组学，我们为您提供高质量的测序和综合生物信息学分析，可为您的芯片-SEQ项目进行精确筛选欧宝体育官网网址并确定全基因组中的蛋白质结合位点。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.芯片-SEQ与芯片芯片相比有哪些优点是什么？

1. CHIP-SEQ能够实现基因组分析，而芯片芯片仅分析已知序列的部分。
2. CHIP-SEQ提供准确性序列的准确分析，而芯片芯片不能精确定位。

2.超声波和酶促染色质碎片的差异是什么？

超声处理或酶消化可用于产生适当的染色质的染色质。超声处理是一种用于碎片化染色质的传统方法，它使用声学能量强烈地剪切染色质。Sononated Chromatin非常适合进行芯片以评估组蛋白和组蛋白修饰，然而，过松动可以损害染色质并移位结合的转录因子和辅因子。因此，超声处理通常需要优化。酶消化使用微核核酸酶切割核肉之间的接头区域。它轻轻碎片染色质并保留染色质和结合蛋白的完整性。因此，更适合于执行芯片以评估更稳定的转录因子和辅助因子，并且与DNA相互作用。此外，酶消化在实验之间提供更好的再现性。但过分消化可能导致无核细胞区域的丧失。

3.只要使用高吞吐量测序，高分辨率将得到保证？欧宝体育官网网址

高吞吐量测序大大提高了芯片检测的欧宝体育官网网址分辨率，但这不是高分辨率的唯一决定因素。在免疫激素之后，染色质中断的片段的长度也会影响分辨率。

4.导致芯片-SEQ更高的假阳性的因素是什么？

DNA碎片方法，染色质开放的异质性，PCR扩增偏置，基因组重复和测序中的误差和序列比对导致假阳性。欧宝体育官网网址测序后，将序欧宝体育官网网址列与已知基因组进行比较并鉴定了真正的结合位点（峰）。对于转录因子，寻找对应于“峰”的下游调节基因（靶基因）或构建转录因子结合位点的保守结合序列。如果已知转录因子的基序，则计算“峰值”序列中的基序序列的百分比，并且可以估计实验结果的可靠性。

膜肾病患者外周血单核细胞中组蛋白H3K9三甲基化的芯片SEQ分析

杂志：巴西医学与生物学研究
发布时间：2013年12月12日

背景

膜状肾病（Mn），其特征在于，通过肾小球基底膜和耻骨上的衍射增厚的存在，是成人特发性肾病综合征的最常见原因，每年发病率为5-10百万。许多研究证实了几种实验见解对人Mn发病机制的相关性，但MN的特定生物标志物尚未完全阐明。

结果

在该研究中，作者使用染色质免疫沉淀，然后使用高通量测序（芯片-SEQ），分析来自10mN患者和10个健康受试者的外周血单核细胞中甲基化组蛋白（H3K9ME3）的变化。欧宝体育官网网址与正常对照相比，MN患者中有108个基因具有显着不同的表达。在MN患者中，在75 H3K9ME3基因中看到的活性显着增加，与健康受试者相比，33中观察到的活性下降。选择5个阳性基因，Digeorge综合征临界区域基因6（DGCR6），分类Nexin 16（SNX16），接触4（CNTN4），含有3（BiRC 3）的杆状病毒IAP重复，含有2（Birc2）的杆状病毒IAP重复，。MN患者中有H3K9ME3的改变。

表1芯片-SEQ和对准结果。
对齐的读数：读数的数量是指参考基因组;仅对齐读数：读数的数量仅指参考基因组;％对齐：对齐读/总读数;％仅限：对齐只读/总读取。

图1.膜肾病患者H3K9ME3的芯片-SEQ峰值分布（距离）。

图2.相对于带注释基因的峰的基因组分布。

图3.通过基因本体学（GO）分析（Amigo 1.8）分布峰相对基因的分布。横向轴表示GO术语。左纵轴表示相关基因的比例。右纵轴表示相关基因的数量。

表2.来自膜肾病患者H3K9ME3的基本信息。
S：C + G;R：A + G;K：T + G;Y：C + T;M：A + C;v：A + C + G.
图4.芯片-SEQ图案标志。横轴表示图案的基因座。垂直轴的总高度反映了图案的保护。每个碱基的高度表示基座的概率。

表3.通过芯片-SEQ鉴定的膜肾病患者与H3K9ME3改变的选择基因。

总之，作者认为这些结果可能是候选人，以帮助解释MN患者的发病机制。这种新颖的发现表明，H3K9ME3可以是基于表观遗传学的Mn疗法的潜在生物标志物或有希望的靶标。

参考Sui W G，等。膜-SEQ分析组蛋白H3K9三甲基化膜状肾病患者的外周血单核细胞。巴西医学与生物研究杂志，2014,47（1）：42-9。