小RNA测序欧宝体育官网网址

为了支持对小型RNA的越来越多的研究兴趣，CD基因组学提供了通过利用先进的NGS技术和数据分析管道来涵盖小型RNA发现，突变表征和小RNA的新型RNA发现，突变表征和表达分析的合格的小型RNA测序服务。欧宝体育官网网址

引入小RNA测序欧宝体育官网网址

小RNA物种通常包括最常见且研究的微小RNA（miRNA），小干扰RNA（siRNA）和PIWI相互作用的RNA（PiRNA）以及其他类型的小RNA，例如小核仁RNA（Snorna）和小核RNA（SNRNA）。小RNA是一种少于差分，长度短（<200nt），非蛋白质编码RNA，缺少多腺苷酸化。小RNA种群在不同的组织类型和物种之间可以显着变化。通常，借助于专用酶和其他蛋白质的较长RNA序列的碎片形成，形成小RNA。

小rnas在基因沉默和基因表达后的转录后调节。然而，小RNA不足以诱导RNA推理。它通常需要形成称为RNA诱导的沉默复合物（RISC）的RNA蛋白复合物的核心。siRNA可以切割mRNA-siRNA双链体中间的mRNA，并通过其他细胞酶降解所得mRNA半部。与siRNA途径不同，通过酶移除mRNA Polya尾部来引发miRNA介导的降解。PiRNA对于生殖细胞的发展至关重要。已经证明小RNA参与了许多生物过程，包括发育，细胞增殖和分化，细胞凋亡。

通过利用前所未有的敏感性和动态范围的巨大输出，NG可以识别弱表达的小RNA，以及定量地揭示长度和序列的异质性。NGS是一种强大的工具，用于研究小RNA的功能和潜在的mRNA靶分子的预测而不需要可用的参考基因组。获得溢出的小RNA测序库首先使用来自总RNA的凝胶电泳选择或欧宝体育官网网址二氧化硅旋转柱分离的小RNA分离。在使用具有封闭的3'end的5'亚苯基化DNA适配器之后，使用封闭的3'end的腺苷酸化DNA适配器进行逆转录，通过PCR扩增并测序。为了识别和注释已知的miRNA，可以将测序读取映射到特定于物种的数据库，例如miRwa欧宝体育官网网址lk和miRBase。

小RNA测序的优点欧宝体育官网网址

• 小RNA和miRNA分析
• 了解转录后调节如何促进表型
• 识别更联目的小RNA和同种型，以及新的生物标志物

小RNA测序工作流程欧宝体育官网网址

CD基因组学利用Illumina Hiseq平台进行序列小RNA。我们对miRNA（15-30nt）和/或小RNA（30-200nt）发现和分析有灵活的策略。我们经验丰富的专家团队执行质量管理，以确保有信心和无偏见的结果。小RNA测序的一般工作流程如下概述。欧宝体育官网网址

服务规范

	样品要求和准备 样品类型：总RNA没有降解或DNA污染 总RNA的起始量≥5μg 样品浓度≥200ng/μl 样品纯度：OD260 / 280 = 1.8〜2.2 所有RNA样品都验证了纯度和数量
	欧宝体育官网网址 miRNA（15-30nt）的文库，小RNA（30-200nt）或定制尺寸范围 Illumina Hiseq SE50 ≥10米读取 超过90％的基地，≥q30质量分数
	生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括： 原始数据质量控制和长度过滤器 基于参考的映射 小RNA分类和量化 目标基因预测和注释 小型小RNA预测 差异表达小RNA的靶基因分析（富集和KEGG富集）

分析管道

CD基因组学提供全部小型RNA测序服务包，包括样品标准化，图书馆准备，深欧宝体育官网网址度测序，原始数据质量控制，基因组组装和定制生物信息学分析。我们可以根据您的研究兴趣定制该管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.数据预处理的工作流程是多少？

第一个步骤是使用FastX和使用回声的可选K-MER校正修剪的适配器修剪。随后，通过基因组映射和注释形成表达谱。如果每个样本的读数变化，则归一化以偏移偏移采样效果。

2.小​​RNA测序需要多少读数？欧宝体育官网网址

这取决于您的申请。对于表达分析，每个样本的映射读数的接受范围为100k-2m。对于发现应用程序，应考虑至少欧宝官网app苹果下载5-10米。

3.每个条件需要多少生物复制？

生物复制可以增加置信度和降低实验错误，我们建议您每次提交至少三次重复。请注意，最终的重复数由最终的实验条件确定。

4.如何运送样本？

您可以在室温下用干冰运送或rnable。凭经验，重建后RNABLABLE中的运输RNA样品产生良好的RNA质量。

5.我可以提交大肠杆菌细胞或组织样品？

是的，除了RNA，还可以提交冻结大肠杆菌细胞粒料或干冰的组织。

6. MicroRNA测序需要聚 - 富集或RNA耗竭吗？欧宝体育官网网址

MicroRNA测序不需要富集，因为适配器仅选择性地连接到小RNA。欧宝体育官网网址

7.我发现我无法打开下载的FASTQ文件。

请确保您的计算机有足够的RAM打开大文件。您可以在具有足够RAM的Windows计算机上或Linux计算机上的文本编辑器上打开它们。或者，您可以考虑其他FASTQ特定读者。

新型MicroRNA发现使用小RNA测序在验尸中的脑卒中欧宝体育官网网址

杂志：BMC基因组学
影响因素：3.729
发布时间：2016年10月4日

背景

MicroRNAs（miRNA）通过靶mRNA分子的平移抑制来调节基因表达。已经鉴定了超过2700人的miRNA，有些与疾病表型相关，并且表现出组织特异性表达模式。作者对亨廷顿疾病或帕金森病患者的93例人验鼠前额叶皮质样品进行了欧宝体育官网网址小RNA测序研究。他们成功发现了99个推定的小说MiRNA。

材料和方法

图1.新型miRNA发现管道的流程图描绘。

结果

1.确定总共8891名miRNA。

MiDeepee *分析来自93人前额叶皮质样品的序列数据鉴定了8891 miRNA。在从MiRBase V20，其他小RNA和外显子过滤已知的miRNA后，保留3641 miRNA。其余的是通过核心的*得分过滤。更高的分数表明miRNA结果的置信度较高。最终确定了99个推定的新型miRNA。

图2. MiRdeep *推定的miRNA和miRBase miRNA（A），以及推定的新型miRNA（b）的基因组位置。

2.共有99个推定小说miRNA

使用99推定新型成熟miRNA的SSearch对准器，34的34孔对准在MiRBase V20中存在的至少一个成熟miRNA。使用线性模型调整死亡年龄的差异表达分析表明，99个推定的miRNA中的4个在对照和亨廷顿的疾病样本之间差异表达，并且在对照和帕金森病的疾病样本之间差异表达了3例（表2）。详细数据列于Limma v.3.33.7生成的表2中。

图3.推定的小说MiRNA，复制数据miRNA和Londin等等。mirnas。

参考：
唤醒c，labadorf a，dumitriu a，等。新型MicroRNA发现使用小RNA测序在验尸后的人脑中。欧宝体育官网网址BMC基因组学，2016,17（1）：776。