病毒偏心组测序欧宝体育官网网址

作为一名经验丰富的NGS服务提供商和Illumina的合作伙伴，CD基因组学致力于提供前所未有的序列数据，允许具有成本效益的解决方案的快速和创新的分析方法。通过采用最先进的高通量序列，测序策略和生物信息学管道，我们具有强大的专业知识。欧宝体育官网网址

病毒性偏心测序的引入欧宝体育官网网址

病毒是世界上最丰富的生物实体，在大多数环境中超过微生物细胞10：1。病毒不断居住，我们的身体，无症状的宿主都没有例外。这种新兴愿景提出了对生物探索的需求。病毒性偏心组合可以为病毒社区的组成和结构提供见解。分析病毒社区的分类学组成不仅是基础研究，而且对于临床科学和实践也是重要的。

然而，难以表征病毒群群，因为没有任何病毒基因组共用的单一基因，这限制了在细菌中使用的类似方法用于核糖体DNA分析。低丰度的自由和细胞DNA是另一个挑战。Metagenomic霰弹枪测序欧宝体育官网网址和RNA-SEQ.是病毒社区表征的两种方法。直接测序可导致欧宝体育官网网址遗传物质的高背景。因此，需要额外的程序来集中和纯化病毒颗粒（VPS）。已经提出了多种可行的富集方法，包括过滤，超速离心，核酸酶处理，多个置换扩增（MDA），接头扩增的霰弹枪库（LASL）和随机PCR方法。

病毒性偏心测序的优点欧宝体育官网网址

• 无需培养或抗体实验室测试
• 关于社区生物多样性，分类和功能的综合信息
• 有希望的应用包括与园欧宝官网app苹果下载艺，兽医药和人类健康相关的病毒发现和病毒病原体鉴定，特别是对于难以诊断的病例。

病毒性偏心组测序工作流程欧宝体育官网网址

我们经验丰富的专家团队通过遵循每个程序来执行质量管理，以确保全面和准确的结果。病毒偏见霰弹枪测序的一般工作流程如下概述。欧宝体育官网网址简而言之，病毒偏心组合中涉及的基本步骤包括通过尺寸过滤或基于密度的离心，序列 - 核酸，霰弹枪测序或RNA-SEQ的序列 - 序列或RNA-SEQ的序列和匹配分析的分离和纯化病毒颗粒的分离和纯化。欧宝体育官网网址通过电池可靠的生物信息学工具。

服务规格

	样品要求和准备 样品来源包括环境和临床样本 样本资格控制 VPS和序列无关扩增的分离和纯化
	欧宝体育官网网址 Hiseq平台，配对端150 BP 每个样本超过2GB原始数据 超过80％的基地，≥Q30质量分数 PACBIO的SMRT技术也可用于长片段测序，其提供更准确和连续的序列。欧宝体育官网网址
	生物信息学分析 我们提供多种定制的生物信息学分析： 去除与宿主相关和细菌相关的污染 核苷酸对齐（virfinder，病毒料和爆炸） 蛋白质对齐（Refseq） de novo组装，分类鉴定，覆盖地图和系统发育分析

分析管道

除了合格的病毒性缩放测序外，我们提供援助，包括实验设计，确定适当的测序平台，软件工具和欧宝体育官网网址分析方法，以适应您的项目。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系，我们经验丰富的专家希望帮助您解决您的问题。

参考：

1. 李伊，等。VIP：病毒鉴定和发现的偏心组件的综合管线。科学报告，2016,6：3774
2. Rampelli，S.等。Viromescan：一种用于偏见的病毒群落分析的新工具。BMC基因组学。2016年，（17）：165。
3. Lewandowska D W，Zagordi O，Geissberger F D等人。临床样本中病毒分析测序样品制备的优化与验证。欧宝体育官网网址Microbiome，2017,5（1）：94。

1.病原体的全基因组测序有哪些方法？欧宝体育官网网址

目前有三种主要方法对病原体的全基因组测序，即偏见测序，PCR扩增子测序和靶富集测序（图1）。欧宝体育官网网址直接偏心细胞测序提供样品中序列的准确和欧宝体育官网网址积分表示。PCR扩增子测序进行PCR欧宝体育官网网址反应以丰富病毒基因组，这基本上增加了大型基因组的工作量，但降低了成本。靶富集测序采用与固相结合的病毒特异性欧宝体育官网网址核苷酸探针在单一反应中富集病毒基因组，其降低工作量，但与PCR扩增子测序相比增加了成本。表1中列出了优点和缺点。它表明病毒偏心序列测序具有研究病原体的独特优势，并在环境和临床样品中表征病毒多样性。欧宝体育官网网址

图1.用于病毒基因组测序的主要方法（Houldcroft欧宝体育官网网址等。2016）。

2，病毒均衡测序的一般生物信息管道是什么？欧宝体育官网网址

测序后，首先欧宝体育官网网址通过去除适配器，低质量和低复杂性序列来预处理的原始NGS读取，然后进行与宿主相关的读取的计算减法。在快速模式中，通过对准VIPR / IRD核苷酸DB来鉴定病毒。在更有意义的模式中，在对准到病毒数据库之前除去细菌和相关核糖体RNA读数。无与伦比的读取进一步与病毒蛋白数据库（NCBI Refseq DB）进一步对准。然后分类学识别（税），覆盖图（Covplot），德诺维可以进行组装（多k-mer）和系统发育分析（Phygo）。

参考：
1. Houldcroft C J，Beale M A，Breuer J.来自病毒基因组测序的临床和生物见解。欧宝体育官网网址自然评论微生物学，2017,15（3）：183-192。
李啊，王h，nie k，等。VIP：病毒鉴定和发现的偏心组件的综合管线。科学报告，2016,6。

巴西胎儿胎儿羊流体Zika病欧宝体育官网网址毒的检测和测序 - 以案例研究

杂志：柳叶赛犬传染病
影响因素：19.864
发布时间：2016年2月17日

背景

2015年巴西的微头蛋白案例比上年的20倍。流行病学数据表明，巴西的微微术的发病率可能与Zika病毒有关。作者从巴西的两个孕妇中取出了羊水样品，其胎儿被诊断为微微术，努力调查微微术的原因。

结果

1. Zika病毒基因组组装

去除细胞污染后，288904序列与病毒基因组具有相似性，并且683个序列匹配Zika病毒基因组。图1显示了从患者1与基因注释分离的整个Zika病毒基因组。

图1. Zika病毒的比较基因组爆炸地图集图。绿色圆圈对应于患者中分离的完整巴西寨卡病毒1.红色圆圈对应于Zika病毒的塞内加尔菌株。蓝色圆圈对应于乌干达菌株。

2.系统发育分析

用封套（图2）和NS5基因的编码区分别进行系统发育分析（图3）。由于采样限制，巴西Zika病毒应变的地理区域无法推断，但它似乎与法属波利尼西亚相比比非洲菌株更密切。

Zika病毒谱系的地理和年代学分布表明，东南亚应变可以从非洲菌株遗传分离约50年。新的巴西Zika病毒序列和乌干达Zika病毒基因组之间的遗传距离进一步证实了这种模式（图4）。

图2.巴西Zika病毒的信封基因组区域的最大似然拓扑。

图3.巴西Zika病毒中NS5基因组区域的最大似然拓扑。

图4.巴西Zika病毒，其他Flaviviridae基因组和alphavirus基因组的最大似然性系统。Denv =登革热病毒，JEV =日本脑炎病毒。YFV =黄热病病毒。Zika = Zika病毒。

3. Zika病毒感染可能通过移式传输发生

本文是第一个分离羊水的Zika病毒的全基因组，这表明Zika病毒感染可能通过移式传输发生。

参考：

Calvet G，Aguiar R S，Melo A S O等。巴西胎儿胎儿羊液中Zika病欧宝体育官网网址毒的检测和测序 - 案例研究。柳叶叶犬传染病，2016,16（6）：653-660。