2019年10月11日
Beate Vieth, Swati Parekh, Christoph Ziegenhain, Wolfgang Enard和Ines Hellmann
自然通讯卷,文章号:4667 (2019)
摘要
最近单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法的迅速普及创造了各种各样的实验和计算管道欧宝体育官网网址，其中最佳实践尚未建立。在这里，我们使用基于5个scRNA-seq库协议的模拟，结合9个真实差分表达式(DE)设置，系统地评估3种映射、4种imputation、7种归一化和4种差分表达式测试方法，导致约3000个管道，允许我们还评估管道步骤之间的相互作用。我们发现标准化和文库准备协议的选择对scRNA-seq分析影响最大。具体来说，我们发现库准备决定了检测对称表达式差异的能力，而归一化主导了非对称de -设置中的管道性能。最后，我们通过展示一个良好的scRNA-seq管道可以对检测生物信号产生与样本量增加四倍相同的影响来说明知情选择的重要性。
