靶区测序欧宝体育官网网址

几十年来，CD基因组公司一直在提供快速和廉价的靶向区域测序服务。欧宝体育官网网址我们采用最先进的测序仪器，帮助您以成本效益高的方式获得所选靶标欧宝体育官网网址的完整DNA信息，这可以极大地增加您的基因组学研究的广度和深度。

靶区测序的介绍欧宝体育官网网址

目标区域测序是通过下一代测序来调欧宝体育官网网址查所选感兴趣区域的有效方法。通过利用目标区域测序面板，您可以发现单核苷酸多态性（SNP）、插入/删除（INDEL）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）。和…比起来全基因组测序欧宝体育官网网址，靶向区域测序能够准确检测罕见变异，欧宝体育官网网址具有较高的敏感性和特异性。当处理大量样本时，这种方法非常划算，大大降低了每个样本的成本。

靶区测序过程包括探针/引物设计/合成、靶区捕获、文库构建、双端欧宝体育官网网址测序和基于靶序列的生物信息学分析。特异性探针/引物组设计用于使用杂交或扩增方法来丰富靶区。在杂交捕获法中，生物素化寡核苷酸探针被设计成在DNA片段库中靶向感兴趣的区域。杂交培养后，使用涂有链霉亲和素的磁珠捕获生物素化探针/目标杂交体，从而形成高度富集目标DNA的文库。目前的扩增方法依赖于多重PCR或某种形式的引物在感兴趣区域的延伸。

目标区域测序具有广泛的应用，包括：欧宝官网app苹果下载欧宝体育官网网址

• 检测snp / InDels /基因拷贝数异变/ sv
• 种系或体细胞突变的发现
• 罕见变异和低频等位基因的检测和量化
• 遗传病的连锁分析
• 生物标志物和治疗靶点的发现

靶向区域测序的优势欧宝体育官网网址

• 识别低等位基因频率的变异（低至1%）。
• 用于生物信息学分析的较小的数据集。
• 样品数量多，成本低。
• 高深度（500-1000X或更高），允许识别稀有变体。

目标区域排序工作流欧宝体育官网网址

CD Genomics利用Illumina HiSeq仪器提供快速准确的目标区域测序和生物信息学分析。我们经验丰富的专家执行质量管理，遵循每一个程序，以确保高质量的结果。目标区域排序的一般工作欧宝体育官网网址流程概述如下。

服务规格

	样品要求和制备 DNA量≥ 10纳克，DNA浓度≥ 1ng/μl，OD260/280=1.8~2.0。 所有DNA样本的纯度和数量都经过验证。
	欧宝体育官网网址 PE150 HiSeq平台。 覆盖深度≥ 100倍；≥ 对于癌症样本，建议使用500X。 质量分数≥Q30的碱基80%以上。
	生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括: 原始数据质量控制 过滤和校准 SNP/InDel/CNV/SV调用和注释 肿瘤体细胞突变分析 复杂的疾病分析 孟德尔疾病分析 新创家庭样本的突变分析 DMR注释和富集分析(GO/KEGG) 根据您的要求进行更多分析

分析管道

CD基因组提供包括样品标准化、探针/引物设计、靶向捕获、文库构建、深度测序、原始数据欧宝体育官网网址质量控制和生物信息学分析在内的全靶区测序服务包。我们可以根据你的研究兴趣调整这个管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.全外显子组测序和靶区测序之间有什么区别？欧宝体育在线欧宝体育官网网址

尽管可能相同的原则和工作流程，整个外显子组测序专注于外显子组，而靶向区域测序专注于由你定义的任何基因。欧宝体育在线欧宝体育官网网址

2.我需要提交什么？

需要目标区域服务的客户需要提交DNA或组织样本，以及候选基因列表或目标区域的染色体定位。我们负责探针生成、目标富集、文库构建、测序和生物信息学分析。欧宝体育官网网址

我们接受以下样本类型用于目标区域测序:纯化基因组DNA、PCR扩增物、冷冻细胞球、菌落、FFPE(福尔马林固定、石欧宝体育官网网址蜡包埋)组织切片、组织、血液和拭子。

3.周转时间如何？

靶区测序需要定制探针，定制探针需要进一步欧宝体育官网网址优化以有效富集靶区。完成探针定制和深度测序通常需要40个工作日。但是有一些针对靶区测序的商业解决方案，如SeqCap EZ Prime Choice探针，可以消除探针定制过程。

4.如何验证变体？

通过下一代测序(NGS)识别的变异需要使用NGS或Sanger测序进行进一步确认。欧宝体育官网网址根据Coppieters在2014年9月所做的调查，178名受访者中近70%的人表示，他们目前正在使用NGS或Sanger测序验证他们的NGS发现。欧宝体育官网网址我们将使用NGS和Sanger测序来验证变异。欧宝体育官网网址

图1。变体确认方法调查（Coppieters等人，2016年）。

引用:
铜币F、游标卡尺K、德莱尼尔K、，等．使用pxlence P欧宝体育官网网址CR检测的靶向重测序和变异验证。生物分子检测与定量, 2016, 6: 22-26.

一种新的基因错义突变的鉴定MIP一个先天性白内障家系的靶区捕获测序欧宝体育官网网址
期刊：科学报告
影响系数：4.259
出版日期：2017年1月6日

摘要

作者招募了一个中国常染色体显性遗传性白内障(ADCC)家族。他们发现了一个杂合错义突变C . 634g >C(p.G212R)MIP基因的目的区域测序。欧宝体育官网网址总之，该研究提供了这种新突变的遗传学和功能证据，它导致了先天性进行性皮质点状，无论是否有Y线缝合。先证者(II:2)有不同类型的

后果

1.临床特征

作者调查了一个中国家庭(图1)，先证者(II:2)表现为点状白内障，其他受累成员表现为点状皮质混浊，并伴有y型缝合性白内障(图2)。

图1所示。家族的血统。正方形和圆形分别表示男性和女性。黑色符号表示受影响的成员，而开放符号表示不受影响的个人。对角线表示减少的家庭成员，黑色箭头表示先证者。星号表示已排序的个体。

图2。病人的裂隙灯照片。先证者II:2（A）表现为点状白内障，而他的弟弟II:6（B）和弟弟的儿子III:5（C）表现为Y形缝合白内障合并点状皮质混浊。

2.靶区测序及变异分析欧宝体育官网网址

设计了一个定制的捕获面板，用于捕获从OMIM（世界人类遗传学知识）和已发表文献中收集的351个遗传性眼病基因。作者在两个样本中都发现了四种罕见的变异（表1）。

表1。先天性白内障致病基因的罕见变异。

3.c、 634G>c突变

只有基因的c.634G>c突变MIP该基因是一种新的杂合错义突变，在212位（p.G212R）将甘氨酸变为精氨酸。分离分析显示，所有受影响的参与者都能很好地协同整合突变，而在未受影响的成员或100名正常对照中未检测到突变。

polyphen2和SIFT分析强烈表明，p.G212R突变可能对该蛋白有害，可能是先天性白内障的原因。多重序列比对显示，Glycine位于MIP在各种物种中高度保守（图3B）。

图3。基因突变分析MIP基因

WT的mRNA和蛋白水平-MIP和G212R-MIP

作者研究了宽型的表达MIP和G212R-MIP转染Hela细胞。结果表明，转染G212R结构的Hela细胞的绿色荧光比转染宽型结构的Hela细胞弱得多。

RT-PCR检测WT的RNA转录水平-MIP和G212R-MIP，这表明一个相似的亲戚MIPmRNA表达水平（图4B）。然而，westernblot表明MIP在G212R中显著降低-MIP细胞（图4C）与荧光显微镜分析结果一致。

图4。WT的mRNA和蛋白水平-MIP和G212R-MIP．

结论

在本研究中，作者认为C . 634g >C, G212R替代可能参与了中国ADCC家族的发病机制。

靶区测序是临床诊断异质性单基欧宝体育官网网址因疾病的有力工具，因为它在捕获覆盖率、成本和周转时间方面具有兼容的性能。