欧宝体育官网网址微生物表观基因组学热点的测序技术 - DNA N6-甲基丹宁

细菌DNA中最普遍的修饰碱是N6-甲基丹宁并涉及调节修饰（RM）过程，修复新的链DNA和控制基因表达的功能。细菌和宿主细胞之间的毒力和关系可能是由甲基转移酶突变和过表达引起的。没有酶能够脱甲基DNA M6A体内，但在靶位点的竞争蛋白质结合可以影响甲基化，从而改变新复制细胞中的转录。帧间移位突变也可能导致在甲基转移酶基因中的重复区域中涉及细胞壁形成和恢复途径的基因表达的进展。这些步长变异机制可以帮助细菌避免哺乳动物宿主防御，但尚不清楚甲基转移酶的帧间偏移是否导致对其他条件的耐受性。

在分子测序出来之前，使用免疫沉淀后的限制性摘要或测序以在DNA中评估M6a的技术。欧宝体育官网网址用于将涉及甲基化碱基和模板的DNA聚合酶动力学分化用于未甲基化碱基的DNA聚合酶动力学，以脉冲间隔（IPD）计算单分子实时（SMRT）分析PACBIO测序结果的管道。欧宝体育官网网址各个组还表明，随着DNA跨纳米孔的传递，对电脉冲的略有改进将揭示使用底基修饰的存在，并使用由牛津纳米孔技术（ont）。

测序N6-甲基丹宁的技术欧宝体育官网网址

SMRT测欧宝体育官网网址序：PACBIO的SMR欧宝体育官网网址T测序取决于逐合成的序列，其中圆形DNA模板的序列由一系列荧光脉冲定义，每个荧光脉冲由固定在井的井底的聚合酶产生，所述聚合酶添加到添加一个命名核苷酸的井底。因此，基础变化不会改变标记的碱基的序列，但它们改变了聚合酶的动力学。可以通过评估脉冲间长度的硅模型或未修改的原型的改变原型的对比度来导出基础变化。例如，模板链中6mA的存在似乎阻碍了聚合酶的互补T.动力学破坏模式的整合可能更复杂和依赖于上下文，而基本调整通常取决于干扰的严重程度。这些功能使SMRT最敏感地检测4MC和6MA，使其对细菌表观组织有用。自2012欧宝体育官网网址年以来，SMRT测序显着增加了鉴定的甲基转移酶的数量.SMRT测序也用于LeishMania以诊断基础J（β-D-葡萄糖基 - 羟甲基脲）并具有分析不明原因的改进的能力。

纳米孔测序欧宝体育官网网址：当沿着单链核酸拧紧单链核酸时，ONT纳米孔测序通过生物纳米孔测试离子电流的差异。欧宝体育官网网址在称为基本呼叫的方法中，神经网络将当前轨道转换为核苷酸。基础DNA修饰添加原始信号异常，使其可观察到。纳米波波是一种用于牛津纳米孔测序数据的信号级分析软件套件，可以用预先训练的算法识别5MCG。欧宝体育官网网址由于纳米柱组合了5mcg模型，除了靶向样品之外，不需要序列PCR扩增的未修饰的单元。在单读，几乎单核苷酸分辨率下，纳米多锥产生了碱度改变的可能性。

鉴定纳米孔测序的基础修饰有三项措施：（1）碱基呼叫典型碱基，（2）将原始信号连接到遗传参考，（3）评估碱改变的证据。欧宝体育官网网址到目前为止，纳米孔测序在5MCG检欧宝体育官网网址测中表现更好，而M6A精度与PACBIO相当。并且还与SMRT相比，每GB的降低成本使其成为较大基因组的理想选择。

参考：

1. O'Brown，Z.K.，Boulias，K.，王，J.等等。在真核基因组DNA中6mA和4MC丰度测量中的伪影来源。BMC基因组学。2019,20,445。
2. 昆汀·古尔（Quentin Gouil），安德鲁·肯尼（Andrew Keniry）；研究DNA甲基化的最新技术。论文生物化学。2019，63（6）：639–648。
3. Chuan-le Xiao，等等。人N6-甲基甲醛的单核苷酸分辨率测序揭示了与线粒体基因组的欧宝体育官网网址SSBP1相关的链不对称簇。