CD基因组学提供甲基化DNA免疫沉淀序列（MedIP）服务，以富集和捕获对基因组的基因特异性DNA甲基化研究的甲基化DN欧宝体育官网网址A片段。
的简介MEDIP测欧宝体育官网网址序
DNA甲基化是指Postrepative维护或德诺维通过DNA甲基转移酶加入到胞嘧啶嘧啶环的碳-5的碳-5的碳-5。在哺乳动物中，DNA甲基化通常发生在CG（MCG）和非CG（MCHG或MCHH中，称为MC）背景。MCG占CG二核苷酸总量的60-80％。最近发现了变体，包括5-羟甲基甲基胞嘧啶（HMC），5-甲酰胞嘧啶和5-羧基胞嘧啶。尽管在结构上类似于MC，但HMC的含量远低得多，并由TET系列二氧化酶组成。研究表明DNA甲基化在胚胎发育，基因调控和疾病的重要组成部分中起在包括致癌中的重要组成部分。综合基因组DNA甲基化和羟甲基化学研究提供了一种彻底理解正常发展和识别潜在表观遗传突变的方法。
Medip-Seq将甲基化DNA免疫沉淀与下一代测序在基因组 - 宽的水平或任何给定的感兴趣区域中进行表观遗传研究。欧宝体育官网网址MEDIP能够检测MC和MCG上下文中的甲基化胞嘧啶，以及可能HMC，5-甲酰胞嘧啶和5-羧胞菌苷。它使用抗-5-甲基胞嘧啶抗体，偶联与磁珠进行选择，以选择甲基化的基因组片段。然后测序这些片段，并且这些读数的覆盖范围可用于估计它们映射到的区域的甲基化水平。通过使用具有5HMC特异性抗体的羟甲基化的DNA免疫沉淀（HMEDIP）方法，还可以通过使用羟甲基化的DNA免疫沉淀（HMEDIP）方法来检测5-羟甲基胞嘧啶（HMC）。Medip-Seq既不引入任何突变也不需要耐尿嘧啶的DNA聚合酶。MEDIP-SEQ技术可行，可在少量DNA样品中概况全基因组DNA甲基化，其在最小的选择偏差下的几百个碱基对和具有竞争力的成本中的分辨率。
MEDIP测序的优点欧宝体育官网网址
MEDIP测欧宝体育官网网址序工作流程
MEDIP测序的一般工作流程如下所述。欧宝体育官网网址简而言之，用适配器碎片化，萃取的DNA，使衔接子连接并使用针对5甲基胞嘧啶的抗体捕获。然后用PCR，尺寸选择扩增富集的甲基化DNA，并在Illumina测序仪上测序。欧宝体育官网网址
服务规格
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样品要求和准备
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生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括：
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分析管道
凭借专业的生物信息学能力，CD基因组学提供高质量的Medip-Seq作为端到端，基因组宽的表观遗传服务，以识别差异甲基化地区，并最终有助于加快表观遗传研究。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。
参考
Tawwo O，Wilson G A，Morris T，等。用低DNA浓度使用Medip-SEQ的甲基族分析。自然协议，2012,7（4）：617。
1.与其他方法相比，MEDIP测序有哪些优点？欧宝体育官网网址
目前，可以将基于测序的欧宝体育官网网址甲基族分析方法分为基于亚硫酸氢盐的转换和基于富集的方法。基于Bisulfite转换的方法包括全基因组要么有针对性的亚硫酸氢盐测序或欧宝体育官网网址降低表示亚硫酸氢盐测序（RRB）欧宝体育官网网址。尽管基于亚硫酸氢盐转化的方法被认为是单碱分辨率下DNA甲基化分析的金标准，但它们不能区分MC和HMC。另外，全基因组亚硫酸氢盐测序对于大型样本尺寸和较小的研究组应用昂贵。欧宝体育官网网址而RRB只能提供有限的基因组覆盖率（5-10％），以CPG岛和启动子地区为中心。
除了MEDIP测序外，基于富欧宝体育官网网址集的技术还包括MBD-SEQ，其使用甲基结合的突出的PROTIEN2和MDB3L1，以及使用MECP2的甲基结合结构域进行甲基捕获的甲基CAP-SEQ。但是MBD-SEQ和甲基CAP-SEQ仅限于MCG的分析，并且全基因组方案通常需要高浓度的基因组DNA（超过1000ng）。因此，MEDIP是一种多功能，准确，昂贵的方法，具有低输入DNA要求，适用于各种样品和研究。
2. MedIP测序样品的要求是什么？欧宝体育官网网址
MEDIP测欧宝体育官网网址序样品需要参考基因组或序列进行对准，并且组装结果直接影响数据分析的准确性。尽管存在部分甲基化信息，但也可以使用从密切相关的物种或转录组组装结果的参考基因组。
3.哪些因素会影响Medip-SEQ的结果？
MEDIP-SEQ涉及的每个过程可能会影响结果，尤其是免疫沉淀和PCR。免疫沉淀是富含甲基化区域的方法，反应条件可能影响富集结果。如果DNA不足，则使用PCR来缩放它，其可以使结果进行比例。此外，应在整个课程中避免污染。
流动小鼠的表观遗传改变：使用Medip-seq的表观蛋白酶体DNA甲基化分析
杂志：细胞和生物科学
发布时间：2018年1月12日
抽象的
作者分析了小鼠前列腺（Tramp）癌症模型的甲基族，并分析了靶向基因的串扰和相关的功能途径。通过利用MEDIP测序，它们分析了DN欧宝体育官网网址A甲基化型材并进行了相关信息学分析，这可以为前列腺癌预防和治疗方法提供策略。
材料＆方法
流浪小鼠和C57BL / 6小鼠
Hiseq 2000;数据分析
规范途径，疾病和功能和网络分析
RT-PCR;
甲基化特异性PCR
结果
1. Medip-SEQ结果比较
总共2147个基因在流浪汉和对照动物之间的基因显示出甲基化峰的显着变化。与对照相比，在流浪汉中观察到1105个基因的甲基化显着增加，显着降低了1105个基因的甲基化。通过IGV分析了四种感兴趣的兴趣基因，DYNC1i1，SLC1A4，XRCC6BP1和TTR。腔小鼠显示DYNC111和SLC1A4的甲基化比率增加，并降低了TTR和XRCC6BP1的甲基化比，其符合MEDIP-SEQ结果。
图1.综合基因组学观察对准读取的读取对准基因组的分布，对四个靶基因，DYNC1i1，SLC1A4，XRCC6BP1和TTR的参考基因组。
2.选定基因表达的QPCR验证
在Tramp和宽型组中测量CryZ，DynC1i1，HNMT，SLC1A4和TTR的表达水平（图2）。其中，TTR表达在wt中增加了9.05倍。前列腺癌组织中，TTR的表达水平显着高于正常和良性前列腺增生组织。此外，它们发现在TTR的启动子区中的甲基化降低，但增加了基因表达。相反，基因体或下游中的DNA甲基化可能或可能不遵循往复关系。
图2.宽型和流浪小鼠前列腺样品中Cryz，Dync1i1，HNMT，SLC1A4和TTR的miRNA表达比较。
3. IPA的规范途径，疾病和函数和网络分析
通过IPA软件包分析具有显着变化的2147个基因。癌症相关的网络占多数（表2），这表明Tramp和控制之间的差异置于器官发展和癌症发展中。最相关的疾病，癌症，胃肠疾病，有机体异常，生殖系统疾病和皮肤病疾病在前五次内排名（图3）。
表1. IPA的十大改变的规范途径
表2. IPA分析的顶级网络。
图3. IPA分析的五大相关疾病类别（A）和前五个癌症亚型（B）。
讨论
分析规范途径将提供新的治疗目标的发展信息。如图4所示，顶部规范途径中具有显着甲基化的基因是神经性疼痛信号传导途径，这与前者认为流浪汉中最常见的恶性肿瘤是神经内分泌源。表3列出了该途径所涉及的基因，显示出改性甲基化。发现CREB与神经系统中的细胞增殖，分化和适应性反应密切相关，发现CREB1基因的甲基化在流浪汉中减少2.274。此外，还发现CREB调节其他致癌途径。所有这些数据表明，CREB与癌症治疗高度相关，可能是前列腺癌预防和治疗的新策略。
图4.通过IPA映射到规范神经病疼痛信号通路的基因。
表3.通过IPA映射到神经病疼痛信号通路的改变的甲基化基因。
参考李波，黄烨，萨尔加西丹，等。腔小鼠的表观遗传改变：使用MedIP-SEQ的表观蛋白酶体DNA甲基化分析。细胞与生物科学，2018,8（1）：3。
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