目标区域测序欧宝体育官网网址

几十年来，CD基因组学一直为快速且价格合理的目标区域测序服务提供。欧宝体育官网网址我们采用最先进的测序仪器以帮助您以经济效益的方式获得所选目标的欧宝体育官网网址全DNA信息，这可以大大增加基因组学研究的广度和深度。

靶向区域测序的引入欧宝体育官网网址

目标区域测序是通过下一代测序来研欧宝体育官网网址究感兴趣的所选区域的有效方法。通过利用靶向区域测序面板，可以发现单核苷酸多态性（SNP）欧宝体育官网网址，插入/缺失（INDELS），拷贝数变异（CNV）和结构变体（SV）。和....相比全基因组测序欧宝体育官网网址，有针对性区域测序能够精确地检测具有欧宝体育官网网址更高敏感性和特异性的罕见变体。处理大量样品时，这种方法非常具有成本效益，这显着降低了每个样品的成本。

靶向区域测序的过程包括基于靶序列的探针/引物设计/合成，靶区域欧宝体育官网网址捕获，文库构建，对成对结束测序和生物信息分析。特定的探针/引物套被设计成使用杂交或扩增方法富集靶区域。在杂交捕获方法中，生物素化的寡核苷酸探针被设计为靶向DNA片段文库内的感兴趣区域。在杂交培养后，使用链霉蛋白蛋白涂覆的磁珠用于捕获生物素化探针/靶杂种，这导致对靶向DNA高度富集的文库。目前扩增方法依赖于多重PCR或跨感兴趣区域的底漆延伸。

目标区域测序具有各种应用，包括：欧宝官网app苹果下载欧宝体育官网网址

• 检测SNPS / INDELS / CNVS / SVS
• 发现种系或躯体突变
• 罕见变体和低频等位基因的检测和定量
• 遗传疾病的联系分析
• 发现生物标志物和治疗目标

有针对性区域测序的优点欧宝体育官网网址

• 鉴定低等位基因频率（低至1％）的变体。
• 用于生物信息学分析的较小数据集。
• 大量样品的成本低得多。
• 深度高（500-1000倍或更高），允许识别罕见变种。

目标区域排序工作流程欧宝体育官网网址

CD基因组学采用Illumina Hiseq仪器，提供快速准确的有针对性区域测序和生物信息学分析。欧宝体育官网网址我们经验丰富的专家执行质量管理，遵循每个程序，以确保高质量的结果。目标区域排序的一般工作流程如下。欧宝体育官网网址

服务规格

	样品要求和准备 DNA量≥10ng，DNA浓度≥1ng/μl，OD260 / 280 = 1.8〜2.0。 所有DNA样品都验证纯度和数量。
	欧宝体育官网网址 Hiseq平台PE150。 覆盖深度≥100x;≥500x建议用于癌症样本。 超过80％的基地，≥Q30质量得分。
	生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括： 原始数据质量控制 过滤和对齐 SNP / Indel / CNV / SV呼叫和注释 癌症体细胞突变分析 复杂疾病分析 孟德尔疾病分析 德诺维家庭样本的突变分析 DMR注释和富集分析（GO / KEGG） 更多对您的要求进行分析

分析管道

CD基因组学提供完整的目标区域测序服务包，包括样品标准化，探头/引物设计，有针对性捕欧宝体育官网网址获，图书馆建设，深度测序，原始数据质量控制和生物信息学分析。我们可以根据您的研究兴趣定制该管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.整体exome测序和有针对性区域测序的差异是什么？欧宝体育在线欧宝体育官网网址

尽管可能是相同的原理和工作流程，但整个Exome测序都侧重于​​Exome，而目标区域测序侧重于您定义的任何欧宝体育在线基因。欧宝体育官网网址

2.我需要提交什么？

需要有针对性地区服务的客户需要提交DNA或组织样本，以及基因候选者的列表或目标区域的染色体定位。我们负责探针生成，目标富集，图书馆建设，测序和生物信息学分析。欧宝体育官网网址

我们接受靶向区域测序的以下样品类型：纯化的基因组DNA，PCR扩增子，冷冻细胞颗粒，细菌菌落，FFPE（福尔马林固欧宝体育官网网址定，石蜡包埋）组织切片，组织，血液和拭子。

3.周转时间怎么样？

目标区域测序需要定制探针，并且定制的探针欧宝体育官网网址需要进一步优化，以有效富集目标区域。完成探针的定制和深度测序通常需要40个工作日。欧宝体育官网网址但是有针对性区域测序的商业解决方案，例如SEQCAP EZ Prime选择探针，这可以消除探针定制的过程。欧宝体育官网网址

4.如何验证变体？

通过下一代测序（NGS）鉴定的变体需要使用NGS或Sanger测序进一步确认。欧宝体育官网网址根据2014年9月的Coppieters的调查，178名受访者的近70％表明他们目前正在使用NGS或Sanger测序验证其NGS调查结果。欧宝体育官网网址我们将使用NGS和Sanger测序验证变体。欧宝体育官网网址

图1.变体确认方法的调查（Coppieters等，2016）。

参考：
Coppieters F，Verniers K，De Leneer K，等。使用Pxlence P欧宝体育官网网址CR测定的有针对性的RESERERENCENCEND和变体验证。生物分子检测和量化，2016,6：22-26。

鉴定新的小说畸变突变m在一个中国家庭中，具有目标区域捕获测序的先天性白内障欧宝体育官网网址
期刊：科学报告
影响因素：4.259
发布时间：2017年1月06日

抽象的

作者用常染色体显性先天性白内障（ADCC）招募了中国家庭。他们发现了一种杂合的畸形突变C.634g> C（P.G212R）替代m基因使用靶区域测序。欧宝体育官网网址总之，该研究提出了这种新突变的遗传和功能证据，这导致先天性进展皮质点状点，或没有缝合。概念（ii：2）具有不同类型的

结果

1.临床特征

作者调查了一个中国家庭（图1），发现证书（II：2）显示了点状白内障，而其他受影响的成员显示点状皮肤透露度，与Y-Sutity白内障相结合（图2）。

图1.家庭的血统。广场和圈子分别表示男性和女性。黑色符号表示受影响的成员，而打开的符号表示未受影响的人。对角线表示族成员减小，黑色箭头表示副箭头。星号表示排序的个体。

图2.患者的狭缝灯照片。概念二：2（a）显示了一个点状白内障，而他的弟弟II：6（b）和兄弟的儿子III：5（c）显示了一款Y-Suture白内障，与点状皮质不透明相结合。

2.目标区域测序和变体分析欧宝体育官网网址

设计了一种定制的捕获面板，旨在捕获从OMIM（世界人类遗传知识）和出版的文献中收集的351个遗传眼病基因。作者发现两个样品中有四种罕见的变体（表1）。

表1.先天性白内障导致基因的罕见变体。

3. C.634G> C突变

只有C.634g> C突变m基因是一种新型杂合的畸形突变，其将甘氨酸改变为在位置212（P.G212R）的精氨酸。并揭示偏析分析，突变与所有受影响的参与者均匀良好，并且在未受影响的成员或100个正常对照中未检测到。

多酚-2和SIFT分析强烈表明p.G212R突变可能对蛋白质有害，并且可能对先天性白内障负责。多序列对准显示甘氨酸在212的位置m在各种物种中高度保守（图3B）。

图3.突变分析m基因。

mRNA和蛋白质水平的wt-m和g212r-m

作者调查了广泛型的表达m和g212r-m在转染的HeLa细胞中。结果表明，用G212R构建体转染的HeLa细胞中的绿色荧光比用宽型构建体转染的荧光较弱。

RT-PCR用于测量wt-的RNA转录水平m和g212r-m，这揭示了类似的亲戚mmRNA表达水平（图4B）。然而，Western印迹表明蛋白质表达水平mG212R-显着减少m细胞（图4c）符合荧光显微镜分析的结果。

图4. mRNA和蛋白质水平的wt-m和g212r-m。

结论

在本研究中，作者表明C.634G> C，G212R替代可能有助于这家中国家庭的ADCC发病机制。

靶区域测序是一种强大的工具，欧宝体育官网网址用于临床诊断由于捕获覆盖率的兼容性能，较低的成本和较短的周转时间，具有较兼容的单一组成障碍的临床诊断。