RNA-SEQ.

CD基因组学一直在提供准确且实惠的RNA-SEQ（RNA测序）服务数十年。欧宝体育官网网址我们将两个illumina（短读数）结合起来PACBIO.（长读取）平台获得允许的转录组德诺维装配或重新排序欧宝体育官网网址ob 体育在线竞猜 ，植物，动物和人类。

RNA-SEQ的引入

RNA-SEQ是通过利用下一代测序（NGS）技术来映射和定量转录om的首要工具。欧宝体育官网网址转录组是指细胞中的一组完整的转录物，其提供关于特异性发育阶段或生理状况的转录物水平的信息。理解转录组是解释基因组的功能要素，并理解发展和疾病所必需的。转录组织的关键目的包括编目所有物种的成绩单;确定基因的转录结构;并定量在不同条件下每转录物的表达水平。

RNA-SEQ提供了全局转录景观的无偏见和前所未有的高分辨率视图，这允许多种样品之间的基因表达量化和差异基因表达分析提供实惠和准确的方法。RNA-SEQ可以识别新的和以前意外的转录物，而无需参考基因组，允许德诺维以前未在之前研究过的新转录组合。它还能够发现新型基因结构，或者剪接同种型，基因融合，SNPS / indel和等位基因特异性表达（ASE）。

RNA-SEQ的优点

• 单个碱基分辨率下RNA分子的定量和精确测量
• 发现新型转录物，剪接变体和基因融合
• 应用于任何物种，无论是否可用参考基因​​组
• 比许多其他方法相当或更低的价格

RNA-SEQ工作流程

CD基因组学结合了Illumina Hiseq和PACBIO系统为任何物种提供快速准确的RNA-SEQ和生物信息学分析。我们经验丰富的专家团队执行质量管理，以确保有信心和无偏见的结果。RNA-SEQ的一般工作流程下面概述。

服务规范

	样品要求和准备 RNA量≥2μg，RNA浓度≥50ng/μl，OD260 / 280 = 1.8〜2.0 所有RNA样品都验证了纯度和数量
	欧宝体育官网网址 常规：Illumina Hiseq PE150 差异基因表达研究：Illumina Hiseq 50 全长抄本：PACBIO SMRT 超过80％的基地，≥Q30质量分数
	生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括： 测序深度和覆盖的统计欧宝体育官网网址 德诺维组装，参考基因组映射 基因注释和基因表达水平 预测新型RNA和变种鉴定 差异基因表达的测试 评估等位基因特异性表达 鉴定表达量化性状基因座（EQTL）

分析管道

CD基因组学提供全RNA测序服务包，包括样本标准化，图书馆建欧宝体育官网网址设，深度测序，原始数据质量控制，基因组组装和定制生物信息学分析。我们可以根据您的研究兴趣定制该管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.每个条件需要多少生物复制？

我们建议您每次提交至少3个重复，以增加置信度并降低实验错误。请注意，这仅用于指导，并且最终的重复数将根据您的最终实验条件确定。

2. NGS在微阵列上有哪些优势？

已经开发了各种技术用于转录组分析，例如微阵列和NGS。与微阵列相比，NGS有几个优点，包括：

一世。RNA-SEQ是基因表达分析的敏感工具。与MicroArray相比，RNA-SEQ提供了一种数字读数，对所有基因表达更准确。

II。微阵列只能提供有限的基因表达信息（即，掺入芯片中的基因），而NGS是一种更综合的方法，产生新的基因变体和低丰度转录物的额外信息。

III。NGS产生比微阵列更可重复和可靠的结果。RNA-SEQ之后没有必要进行QPCR，而它是微阵列以验证结果的标准程序。

3.在测序之前是否有必要消除RRNA？欧宝体育官网网址

核糖体RNA（rRNA）在总RNA中构成超过90％的RNA物种。没有聚 - 富集或rRNA耗尽的进行RNA-SEQ将产生主要来自rRNA的读数。例如，少于一读读数将是有用的信息。已经耗尽的RRNA的转录组通常被认为是总RNA，包括mRNA和非编码RNA。因此，对于任何测序平台，需要聚类富集或rRNA耗尽。欧宝体育官网网址

4. RNA-SEQ可以在未参考基因组的原核物种中进行吗？

最好不是。原核物种通常需要参考基因组进行转录组分析，因为它们中的MRNA通常是不适合的多碳德诺维集会。

5. RNA-SEQ数据分析的传统管道是什么？

RNA-SEQ数据的常规管道包括原始数据质量控制，对准，组装，基因表达分析和其他分析。

图1. RNA-SEQ数据分析概述（Kukurba和Montgomery 2015）。

参考：
1. Kukurba K R，Montgomery S B.RNA测序和欧宝体育官网网址分析。冷泉港协议，2015年，2015（11）：PDB。TOP084970。

RNA测序的转录组特征鉴定了慢性淋巴细胞白血病中的主要分子和临床细胞欧宝体育官网网址

杂志：基因组研究
影响因素：11.92
发布：2013年11月21日在线

抽象的

作者在来自98名患者的队列的群体的正常B淋巴细胞和慢性淋巴细胞欧宝体育官网网址白血病（CLL）细胞的不同亚型中进行了深的RNA测序。它们检测到千分比差异表达CLL和正常B细胞​​或表现出CLL特异性剪接图案的数千种转录元素。他们还鉴定了CLL中的主要分子和临床细胞。

结果

1. CLL的基因表达景观

作者发现1089个基因在CLL和正常B细胞​​之间差异表达（表1）。如预期的那样，由于CLL细胞的克隆性，最差异表达的基因是免疫球蛋白。途径分析显示，参与代谢途径的基因在CLL中表达更高，而与胶凝体，蛋白酶体和核糖体有关的基因在CLL中基本下调。

表1.分析的不同组之间的表达和剪接差异。

图1. CLL转录景观。（a）CLL和正常样品之间的差异表达基因的编码电位。（b）转换元素（TES）的标准化表达。（c）具有特异性特异性剪接比的基因。（d）体细胞突变的等位基因特异性表达。

2. CLL的拼接景观

作者鉴定了2000个基因，CLL和正常细胞之间的替代接头同种型相对比具有显着差异，包括具有众所周知的替代同种型的基因，如癌症生物标志物，例如RAC1，CD44和BCL2L1。在表达水平和拼接水平下鉴定BCR路径的变化（图2）。

图2.正常（n）和肿瘤（t）样品之间BCR路径的拼接变化。

3. CLL中的转录嵌合体

导致嵌合蛋白质的基因融合构成了致癌物的重要机制。作者鉴定了具有RNA-SEQ分析的CLL细胞中的122个嵌合交叉区。他们选择了两种嵌合体（FCR12-FCRL3嵌合结和GAB1-SMARCA5嵌合结），通过PCR和Sanger测序进一步验证，欧宝体育官网网址

图3. FCR12-FCRL3和GAB1-SMARCA5之间的嵌合接合。

4.识别两种主要转录CLL亚组

基于基因表达的RNA-SEQ样品的分层聚类清楚地分离来自肿瘤样品的正常细胞（图4a）。聚类揭示了CLL样本中的两个大型强烈定义的子组，通过多维缩放和主成分分析进一步支持。

图4.主要转录CLL子组。（a）CLL和正常样本的聚类。（b）共识群集。（c）基于基因表达的CLL和正常样品的多维缩放。（D＆E）浓缩分数情节。

5. C1和C2 CLL组的临床相关性

作者评估了C1和C2 CLL组的临床影响。与C1患者相比，C2患者在与不良结果相关的基因中具有较高的突变突变，​​并且更有可能处于高级钻孔阶段。

图5. C1和C2亚组的临床行为。

参考：
Ferreira p g，jares p，rico d，等。RNA测序的转录组特征鉴定了慢性淋巴细胞白血病中的主要分子和临床细胞。欧宝体育官网网址基因组研究，2014,24（2）：212-226。