CD基因组学现在提供了利用10X基因组学铬系统的各种溶液的单细胞分析，允许稀有或异质群体的细胞分析。
强大的方法可以更加易于易于允许稀有或异质群体的细胞分析。在常规“体积”测序方法中发生的平均不允许直接评估基本生物学单元 - 细胞或包装基因组的个体核。欧宝体育官网网址CD基因组学通过10x基因组系统及其工程试剂递送方法提供对单细胞水平的基因组和遗传分析的访问。基于液滴的平台铬10X系统，由Gemcode技术提供动力，使生物医学研究人员和临床医生能够使用这种强大的方法作为进行单一细胞研究所需的技术和工具来实现重要的新发现。此外，已经显示出基于液滴的平台，最大化细胞的产量，同时缩小到纳米凝胶体积的反应，提高了检测灵敏度和定量精度。基于液滴的方法具有优点，允许直接分析稀有细胞类型或常规散装测序方案的材料可能不足的原代细胞。欧宝体育官网网址它也是从较大的异质群体中兴观细胞的有趣群，例如肿瘤肿块内的恶性肿瘤细胞，或在看似均匀的群体内的超响应免疫细胞。它甚至可以揭示全新的细胞类型。10X基因组学还允许研究胚胎发育，癌症，肌细胞和肺上皮细胞分化等情景中的细胞状态，以及淋巴细胞命运多样化。
在几分钟内将样本封装成数百到数万个唯一可寻址的分区，每个分区包含用于下游分析的识别条形码。与数百万条形码寡核苷酸注入的每个凝胶珠与样品混合，样品可以是高分子量（HMW）DNA，个体细胞，核或细胞珠。然后将凝胶珠和样品加入油表面活性剂溶液中以在乳液（宝石）中产生凝胶珠，其作为溶解凝胶珠的单独反应囊泡，并将样品为条形码（图1）。合并条形码产品用于下游反应，以创建短读序列兼容库。测序后，将所欧宝体育官网网址得的条形码短读取序列送入交钥匙分析管道，其使用条形码信息将映射读回其原始HMW DNA，单个细胞或单一的起源核。
最终10x铬基因组文库的片段的示意图
最大化细胞的产量是鉴定复杂组织中的细胞类型的关键。10x基因组学铬单细胞基因表达溶液可用于在单个细胞中进行转录组测量，其中序列大量单细胞可以重新承载大量的转录组复杂性。欧宝体育官网网址CD基因组学专用于使用10x基因组学铬单细胞基因表达溶液提供高质量的单细胞转录组分析服务，以及交钥匙软件工具，其允许从单个细胞中创建高复杂性文库，从而使来自任何样品类型的洞察力最大化。细胞范围分析管道进行主要分析和可视化。细胞范围分析管道进行标准分析步骤，如解复用，对准和基因计数。Cell Ranger利用10x条形码来生成具有单小区分辨率的表达数据。该数据类型使得包括细胞聚类，细胞类型分类和差异欧宝官网app苹果下载基因表达的应用，其等级为数十万个细胞。
Chromium™系统通过将细胞分配到纳米升级宝石中，可以通过将细胞分配给纳米升降型Gems的单细胞转录分析（通常为1000-6000），其中所有生成的cDNA共享公共10x条形码将各个读回相关单独的分区。孵育宝石产生条形的，来自聚腺苷酸的mRNA单细胞3'文库的条形叠，全长cDNA包含标准的Illumina成对末端构建体，其以P5和P7开始和结束。16 BP 10x条形码和12bp UMI在读取1中编码，作为库插入的第一基对。样本索引序列被称为I7索引读取。
Chromium™细胞分隔工作流程用于SCRNA测序欧宝体育官网网址
10x基因组学单细胞方案需要悬浮可行的单细胞或单细胞核作为输入。研究人员必须提交脱离活细胞的悬浮液。为了获得高质量的数据，在最大化活力并且最小化核聚集体，死细胞，细胞碎片，细胞质核酸和逆转录的潜在抑制剂最小化的情况下至关重要。准确的细胞计数对于应用成功至关重要。建议使用700-1200个细胞/ UL之间的单细胞悬浮液以获得最佳的目标细胞恢复。建议应计入3-4次细胞悬架，所有计数之间的标准差应为<25％。
特征条形码技术可以实现多重和双重检测和/或识别细胞表面蛋白质同种型，检测蛋白质，用于低丰度转录物，进一步增加表型特异性。
实施CRISPR筛查以同时进行高通量和可扩展的功能遗传筛分成千上万的单细胞。
铬单细胞免疫分析溶液是一种综合方法，以了解人或小鼠中数百至成千上万的T和B细胞的自适应免疫系统，具有单细胞分辨率。CD基因组学提供简化的工作流程，允许您从细胞悬浮液到图书馆准备，免疫测序和软件分析，从而实现全长V（d）j段的组装和注释，并同时评估TCR，Ig和5'欧宝体育官网网址同一细胞中的基因表达。
装载到系统上的单个电池悬浮液被划分为Gems，其中转录物用细胞特定条形码标记。然后合并条形码cDNA用于下游加工和图书馆制剂。对于免疫反对分析，CDNA在文库制备之前对T或B细胞受体转录物进行靶向富集。该方案产生铬单胞间v（d）j库，准备用于illumina测序。欧宝体育官网网址
对于V（D）J丰富的库，Read 1编码了16个BP 10x™条形码，10bp UMI和13个BP开关寡核苷酸，以及富集的转录物的5'末端。对于5'基因表达库，读取1编码16bp 10x条形码和10bp umi。由于酶促碎片，对于两个文库读取2编码相应插入件的随机内部片段。样本索引序列被称为I7索引读取。最终文库构建体的示意图如下所示。
铬单细胞V（D）J丰富的图书馆
5'基因表达文库结构
铬基因组测序溶液使分子条形码能够从相同的欧宝体育官网网址长DNA片段中的标签读取，这提供了从标准方法缺失的远程信息。结果，我们能够通过使用唯一的条形码与单个分子产生的每次短读取将短读合在一起。链接读取可以帮助访问NGS死区，找到更多的结构变体，并轻松解决单倍型德诺维基因组组装。
对于全基因组分析，开始具有高分子量（HMW）基因组DNA的方法，产生独特条形码GDNA拷贝的测序准备的文库。欧宝体育官网网址对于整个Exome分析，通过添加Agilent SureselectXTXL人的所有外显子V6试剂盒，目标浓缩图书馆也提供了最佳的极端应用性能。最佳性能已经表征在平均长度大于65 kB的输入GDNA上，该方案概述了从活细胞的最佳尺寸的HMW GDNA提取。
CD基因组学具有能够从单细胞的DNA序列文库并分析基因组数据，准确地检测单细胞CNV事件。
在10X宝石技术上建立，铬单细胞CNV溶液能够剖到数百至数千个细胞。来自单细胞的DNA在细胞珠凝胶珠隔板内倒码，然后将条形码片段合并用于文库生产。条形码库片段可以很容易地追溯到它们源自下游生物信息工具的细胞。它提供了一种全面，可扩展的方法来确定通过在单个样品中分析数百到数千个细胞的基因组异质性和地图克隆演化。在前所未有的规模和分辨率下，研究复杂发病机制，包括癌症进展和遗传疾病的复杂发病性更容易。单细胞CNV事件将被调用约2MB分辨率，但在细胞簇上，可以检测到数百KB分辨率的CNV事件。
10x Chromium™系统设计了单电池ATAC（用于转座酶可接近染色质的测定）溶液，以帮助了解基因组的调节景观。还可以理解在数万个细胞上具有用于转座酶可接受的染色质（ATAC）溶液的铬单电池测定的数万个细胞的表观遗传和调节变化。从数百到数万个核开始，转子酶酶用于优先标记具有测序适配器的可接受的DNA区域。欧宝体育官网网址来自单个核的转置DNA片段与〜750,000个可能的10x条形码中的一种区别。其每种香奈儿500至10,000个核，并询问单个核的开放染色质谱。
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