CD基因组学现在能够提供降级测序服务，以促进更全面的洞察植物MicroRNA景观。欧宝体育官网网址通过使用我们的服务，您可以以高度敏感和准确的方式检测MicroRNA的mRNA目标。
引入降低测量测序欧宝体育官网网址
MicroRNA（miRNA）是一类内源性非编码RNA，其长度为20-24个核苷酸（NT），由茎环前体的高度精确切除产生。MicroRNA是转录和转录后水平的基因表达的重要调节因素。将成熟的miRNA募集成RNA诱导的沉默复合物（RISC）以降解mRNA靶标并抑制它们的翻译。基于不同物种的比较，MiRNA在物种中受到高度保守。植物中还存在非保守和特异性的miRNA。非保守的miRNA通常在低水平下表达，因此，许多人未在小规模排序项目中识别。欧宝体育官网网址小型RNA测序技术允欧宝体育官网网址许识别低丰度miRNA。
改性5'种族（CDNA末端的快速扩增）被广泛用于靶确认和切割位点测绘。然而，这种方法是费力，耗时，昂贵的，并且仅适用于微量调查。最近，降低测序，也称为RNA末端的并联分欧宝体育官网网址析（PARE），它是一种强大的方法，将高通量测序和改性5'播种与miRNA和Ta-siRNA的筛选相结合（trans- 以大规模的靶向靶向。在该方法中，降解的封装mRNA是适配器连接和逆转录的。然后是MMEL消化，纯化的，3'-衔接连接和PCR扩增的碎片。cDNA和欧宝体育官网网址降级分析的深度测序提供了有关在植物中进行降解的未缩合成绩单的全面信息。
降低测序的优点欧宝体育官网网址
降级测序工作流程欧宝体育官网网址
下面概述了降低测量测序的一般工作流程。欧宝体育官网网址为了构建降低组测序库，第一步是将PolyA-R欧宝体育官网网址NA样品Liate含有3'MME I位点的RNA适配器，并转录。在二股合成合成，MME I消化，凝胶纯化和PCR扩增，3'Adapter被连接到深序。欧宝体育官网网址我们经验丰富的专家团队执行质量管理，以确保有信心和无偏见的结果。
服务规格
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样品要求和准备
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生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括：
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分析管道
我们经验丰富的科学家和先进的技术支持，CD基因组学可通过严格的质量控制和先进的生物信息学分析，一次通过高通量测序来帮助您在单基分辨率下识别小型RNA靶标。欧宝体育官网网址如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。
1.降级测序原理。欧宝体育官网网址
在动物中，据信通过平移抑制发生蛋白质抑制与mRNA降解发生。In plants, miRNAs degrade their mRNA targets by precise cleavage between the 10th and 11th nucleotide s from the 5’ end of the miRNA in the complementary region of the target transcript, generating a distinct peak of degradome sequence tag at the predicted cleavage site relative to other regions of the transcript. Based on this principal, the degradome sequencing is primarily used to globally identify remnants of small RNA-directed cleavage by sequencing the 5’ ends of uncapped RNAs in plants.
2.抑制miRNA靶标的病变测序有哪些优点是什么？欧宝体育官网网址
表1. miRNA靶预测的降低测量测序和传统方法的比较。欧宝体育官网网址
| 降级测序欧宝体育官网网址 | Luciferase报道基因测定 | Argonaute-RNA免疫沉淀（前rip） | 5'种族（CDNA的快速扩增） | |
| 吞吐量 | 高的 | 低的 | 低的 | 低的 |
| 手术 | 简单 | 复杂的 | 复杂的 | 简单 |
| 时期 | 短的 | 长 | 长 | 长 |
| 准确性 | 高的 | 高的 | 相对较高 | 相对较高 |
用于识别或预测miRNA目标的工具。
表2.基于MiRNA序列的预测的工具。
参考：
Riffo-Campos，Á.L.，等。基于序列的miRNA目标预测的工具：选择什么？国际分子科学杂志，2016,17（12）：1987。
小RNA和降低测量序列显示重要的MicroRNA欧宝体育官网网址功能黄芪克莱索曲对硒刺激的反应
植物生物技术杂志
影响因素：6.305
发布时间：2015年5月21日
抽象的
天龙通过将其转化为非氨基酸化合物，物种被称为Se的超累积剂。但我们对Se-代谢相关的高累积毫无意义。作者试图了解MiRNA是否在植物中的累积中发挥作用。在本研究中，它们鉴定了418名已知的MiRNA和由SE暴露诱导的151个新的miRNA黄芪克莱索曲。通过深度降级测序，作者揭示了重要的miRNA功欧宝体育官网网址能A. Chrysochlorus.对硒刺激的反应。
材料＆方法
1.样品
愈伤组织组织A. Chrysochlorus.种子;
硒治疗。
2.测欧宝体育官网网址序
RNA隔离;
RNA质量和数量测量;
小RNA测序;欧宝体育官网网址
降低测序。欧宝体育官网网址
3.数据分析
miRNA识别;
目标预测;
基于Go和Kegg分析的功能分类。
结果
1. miRNA识别和表达概况。
鉴定了共有418名已知和151个新的miRNA。图1中描绘了对照和SE治疗之间的miRNA分布。418 miRNA属于380个miRNA家族，并且在对照和SE处理的样品中不同地表达了160个miRNA家族。在SE治疗后，30种新的miRNA在不同的情况下表达。
图1.对照和SE治疗之间miRNA的分布：（c）保守miRNA;（d）新的mirnas。
图2.对照的小RNA表达谱和SE治疗的愈伤组织A. Chrysochlorus.。
图3. SE治疗中随机选择的MIRNA的表达简档A. Chrysochlorus.calli。
2.降低测序分析欧宝体育官网网址
鉴定了总共1339个预测部位并确定由499 miRNA切割。将靶基因注释并分类为转录因子及其亚基，酶编码基因，抗性蛋白质，富含亮氨酸的重复，亮氨酸拉链，锌指蛋白和其他结构和功能蛋白。
图4. miRNA及其目标的目标图（T-plots）。红色箭头表示最丰富的峰或裂解位点。（a）靶向内切核酸酶Dicer同源物-1样蛋白的mir162-3p;（b）MIR1513A靶向蓝光激活组氨酸激酶;（c）mir2118b靶向缺氧 - 鸟嘌呤磷酰基转移酶样蛋白;（d）;MiR172C靶向推定乙烯响应性转录因子RAP-2-7样蛋白;（e）MIR159B-3P靶向假设蛋白质11m9.5;（f）mir166 h-3p靶向homeobox leucin拉链蛋白Athb-15样蛋白。
3. Go和Kegg Pathway分析
鉴定miRNA的目标进行了GO和KEGG分析，以察觉为其生物学作用。靶基因参与47种细胞组分，103种分子功能和144种生物过程。
图5. GO分类miRNA目标A. Chrysochlorus.。
图6. kegg植物 - 病原体相互作用途径和新颖的和已知的miRNA，其在本研究中获得可能靶向该途径中涉及的基因。
参考Cakir O，Candar-Cakir B，张B.小RNA和降低测量测序揭示了重要的MicroRNA功能欧宝体育官网网址黄芪克莱索曲对硒刺激的反应。植物生物技术杂志，2016,14（2）：543-556。
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