CD基因组学通过降低捕获大多数启动子和其他相关基因组区域的同时，通过减少所需的测序量来提供单核苷酸分辨率的降低的伯欧宝体育官网网址硫酸氢盐测序（RRB）服务。RRBS是有利于通过对样品之间的差异甲基化区域（DMR）的鉴定和分析来发现生物标志物发现。
的简介RRB.
胞嘧啶的DNA甲基化是基因表达调控中的表观遗传改性。DNA甲基化主要在CpG上下文中发生，并且这些CPG二核苷酸在基因组的选定区域中更丰富。RRB是对基因组 - 宽DNA甲基化分析的强大方法，其将限制酶消化与亚硫酸氢盐测序相结合，以丰富基因组的CpG密集部分。欧宝体育官网网址这种组合使RRB提高了采样利用率的效率和飞行员研究的完美平台和临床应用。欧宝官网app苹果下载
RRBS仅在与...相比下以显着降低的成本序列序列与CPG的地区有关的碎片。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）欧宝体育官网网址。RRB是非常成本效益的，鉴于约1-5％的基因组是测序，占据了约12％的基因组CpG位点以及约84％的促进剂中的CPG岛。欧宝体育官网网址植物表现出不同的CPG分布：（i）缺乏启动子的特征CpG岛;（ii）在所有序列背景下在胞嘧啶碱基发生。因此，虽然酶MSPI通常用于动物和人，但酶SACI / MSEI通常用于植物中。
优势RRB.
RRB.工作流程
RRB测序的一般工作流程如下所述。欧宝体育官网网址RRB利用MSPI限制酶在基因组的CCGG位点切割，富集CpG致密区域。然后通过凝胶纯化回收含有CPG的区域。在甲基化衔接物结扎，末端修复和Da尾尾后，然后通过亚硫酸氢盐，扩增和测序碎片。我们经验丰富的专家团队执行质量管理，以确保有信心和无偏见的结果。
服务规格
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样品要求和准备
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生物信息学分析 我们提供定制的生物信息学分析，包括：
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生物信息学工作流程
通过组合酶消化，亚硫酸氢盐转化和NGS技术，CD基因组学能够以降低的成本为RRB作为一种替代方法，以降低成本。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。
参考：
1.郭H，朱P，郭F，等。哺乳动物细胞的分析DNA甲基族景观，具有单细胞减少效果亚硫酸氢盐测序。欧宝体育官网网址自然协议，2015,10（5）：645。
2. Meissner A，Gnirke A，Bell G W，等。比较高分辨率DNA甲基化分析的降低表示亚硫酸氢盐测序。欧宝体育官网网址核酸研究，2005,33（18）：5868-5877。
1. RRSB的工作流程是什么？
RRB的工作流程如下图1所示。简而言之，首先将DNA消化，通常用MSPI在CCGG位点进行甲基化不敏感和切割，富集基因组的富含CpG区域。然后修复片段末端，并且达到尾尾和适配器。随后，碎片按大小选择，由亚硫酸氢盐转化，扩增和测序。
图1. RRB的示意图工作流程。
2.测序样品的要求是什么？欧宝体育官网网址
您可以提交单元格（至少5 * 106.），新鲜组织（至少2〜3g）或DNA（至少5μg;浓度≥100ng/μl; od = 1.8〜2.0;没有降解或RNA污染或严重降解）。在发货之前，将细胞储存在-80℃，并且DNA应溶解在水中并储存在-20℃。请避免重复的冻融周期。当运输时，样品应用Parafilm密封，并保持在冰冻的状态下，可能与冰袋。
3.哪些物种适合于全基因组亚硫酸氢盐测序？欧宝体育官网网址
经过RRB的物种应满足三项要求：（i）真核生物;（ii）其参考基因组至少已经组装到支架水平;（iii）相对完整的基因组注释。
案例研究DNA甲基化长度和短光周期诱导的变化纳斯诺尼亚
杂志：基因组研究
影响因素：11.922
发布时间：2015年12月15日
抽象的
黄蜂纳斯诺尼亚vitripennis.是一种出现强烈的光周期反应的新兴模型生物，可用于研究潜在的光周期正时的分子机制。作者试图弄清楚女性的方式纳斯诺尼亚通过利用RRB方法控制其后代的发展轨迹来生存冬季。它表明，敲击DNA甲基转移酶或阻断DNA甲基化在很大程度上破坏了WASP的光周期延伸响应，这表明DNA甲基化在昆虫光纤周期上的作用。
结果
1.纳斯诺尼亚遗产
作者在从女性提取的基因组DNA中，DNA甲基化成突N. Vitripennis.通过利用RRB保持长期或短日的条件。与其他序列上下文相比CPG似乎是严重或轻微的甲基化（图1c）。大多数甲基化CpG位于外显子，大多数位于内含子，启动子区和基因组（图1D，E）中。
图1.纳斯诺尼亚静脉瘤。
2.鉴定差异甲基化基因
作者将51个差异甲基化的CPG位点（DMC）鉴定为37个基因。与短日期相比，大约一半的DMC（23/51）在漫长的一天中表现出低甲基化，而其他人则表现出相反的趋势。进行QPCR以验证RRB分析。
图2.与光周期相关的差异DNA甲基化纳斯诺尼亚。
3.功能测定，表明DNA甲基化的致病作用
作者通过将DSRNA注入雌性蛹来击倒DNMT1A-C和DNMT3N. Vitripennis.菌株菌。QPCR验证了敲低。无论白天长度如何，DNMT1A的击倒导致了产生延迟后代的女性。沉默的dnmt3导致延伸响应的无显着性（但接近意义）差异，表明DNMT3的效果较弱或更难以解决。
They also tested the impact of DNA methylation pharmacologically by utilizing DNA methylation inhibitor 5-aza-2’-deoxy-cytidine (5-aza-dC), and observed a reduction of diapause in the progeny of wasps maintained in short day, as well as an increase in long-day progeny.
图3.光/周期介导的延伸响应需要DNA甲基化。
图4.使用5-AZA-DC的药理学测试。
参考Pegoraro M，Bafna A，Davies N J，等。长且短的光周期诱导的DNA甲基化变化纳斯诺尼亚。基因组研究，2016,26（2）：203-210。
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