DNA甲基化和羟甲基化是基因表达调控的重要表观遗传修饰。DNA甲基化通常抑制基因转录。相反，羟甲基化，激活基因表达或提示DNA去甲基化。
通过一组酶转化5-羟甲基胞嘧啶（5HMC）从5-甲基胞嘧啶（5MC）转化为10-11级易位（TET）家族二恶英酶。研究DNA甲基化的金标准伯硫酸氢盐转化技术不区分5mc和5hmc。然而，映射5HMC Genomewide的新方法迅速提出，尽管目前尚不清楚不同的方法在准确地调用5HMC时如何进行比较。
CD基因组学可提供三种5HMC基因组宽检测方法：
1.全基因组亚硫酸氢盐/氧化亚硫酸氢盐测序（欧宝体育官网网址WGBS./ WGOXBS-SEQ）
2.减少代表性二硫酸氢盐氧化亚硫酸氢盐测序（欧宝体育官网网址RRB./ Rroxbs）
3.基于抗体的免疫沉淀和羟甲基DNA的测序（欧宝体育官网网址HMEDIP-SEQ.）。
oxbs-seq的引入
5-甲基胞嘧啶（5MC）可通过一组称为10-11-十一易位酶（TETS）的一组氧化酶来氧化。在氧气和2-氧代摩塔酸的消耗下，这些Fe（II）依赖性二氧化酶在第一反应中氧化5MC至5-羟甲基胞嘧啶（5HMC），然后是5-甲酰基胞嘧啶（5FC），最后5-羧基胞嘧啶（5CAC）。这些氧化胞嘧啶变体最丰富的形式是5HMC。
氧化双硫酸氢盐转化（OXB），预硫酸氢盐氧化反应转化为5HMC至5FC，其将通过亚硫酸氢盐转化为5F-Uracil并在随后的PCR中转化为胸腺嘧啶。然后将该文库与在同一样品上构建的传统亚硫酸氢盐测序库（BS-SEQ）进行比较，以确定DNA内各种改性胞嘧啶的5MC欧宝体育官网网址和5HMC的量。oxbs-seq具有相对简单且快速的实验工作流程，可以同时获得甲基族和羟甲瘤。
OXBS-SEQ工作流程
加工基因组DNA以达到10kb片段。使用纯化柱浓缩碎片DNA。将该碎片和纯化的DNA用于氧化+亚硫酸氢盐处理。进行了缓冲液交换，变性，氧化，亚硫酸氢盐转化，清理和对5-羟甲基胞嘧啶氧化的定性评估。最后，使用OXB和BS转化的DNA构建OxBS-SEQ和相应的BS-SEQ文库。根据制造商的协议，在簇生生成和测序的群体生成和测序之前，对所有双链和单链DNA定量。欧宝体育官网网址
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参考：
[1] Giehr，Pascal，Kyriakopoulos，等。两个优于一个：HPOXBS - 发夹氧化亚硫酸氢盐测序[J]。欧宝体育官网网址核酸研究，2018年。
[2] Skvortsova K，Zotenko E，Luu P L，等等。综合评价人DNA中基因组5-羟甲基胞嘧啶分析方法[J]。表观遗传学和染色质，2017,10（1）：16。
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