微生物的鉴定依赖于早期时代的表型方法。随着遗传方法的进展，由于其特异性和速度，基于核苷酸序列的各种分类方法越来越受欢迎。基于基于基欧宝体育官网网址因序列的技术可以用于检测，鉴定和监测微生物，甚至令人讨厌或未培养的微生物。
Sanger测欧宝体育官网网址序
不同生物的基因序列的比较作为微生物生物敏感和精确鉴定的分子工具的基础。目前，核糖体RNA（RRNA）基因序列的直接比较可能是鉴定许多生物的最强大的工具。作为培养的互补方法，16S rRNA基因的测序作为精确且更快的方法，广泛用于细菌鉴定。欧宝体育官网网址18S或欧宝体育官网网址内转录的间隔基因的测序ITS1和ITS2对真菌的分类有类似的功能。大量且不断增加的序列数据库允许识别大量微生物。
rRNA基因的欧宝体育官网网址Sanger测序是Microorymiss鉴定的最广泛使用的分子工具。它采用基于扩增和基于Sanger的RDNA靶标测序，用于鉴定培养的分离株的细菌，分枝杆欧宝体育官网网址菌和真菌。鉴定的精度（即，是否鉴定给属或物种等级）的精度取决于数据库内的序列同源性。如果不能鉴定到任何先前引用的属的属，则许多描述物种的缺乏RDNA序列可能是分子鉴定失败的主要原因。
当新序列和数据库的任何序列之间没有密切匹配时，可以使用分子系统发生的方法来分类未知的微生物。菌株的系统发育关系来自所选系统发育标记的序列比定，例如16S rRNA基因。当一组确实属于同一属的细菌内的测试生物簇时，通常认为已经获得了在属级别的鉴定。
尽管16S RRNA基因测序已成功用于细菌鉴定欧宝体育官网网址，但有时，有时两个细菌种具有高度相似的16S rRNA基因序列，因此通过该技术难以区分。在这种情况下，基因组比较可用于确定两个基因组是否来自同一种类。每种物种的更大量基因组序列的可用性提供了基于全基因组信息开发距离测定的可能性。可以将查询生物的基因组与所有已知的细菌基因组进行比较，以鉴定物种水平的菌株，为物种定义提供有价值的见解。
Sanger测欧宝体育官网网址序是一种准确且经济高效的方法，广泛用于细菌鉴定，但它对在实验室环境中可以容易培养的微生物强烈偏置。由于规模和级别的经济性，各种下一代测序平台的更高测序吞吐量，16S / 18S /其扩增子测序使得培养的混合微生物欧宝体育官网网址社区集体基因组的培养基研究，以检测和识别若干生物体平行线。16S / 18S /其扩增子测序方法能够欧宝体育官网网址分析包括在环境利基，植物或动物宿主中的整个微生物群落。
与利用Illumina产生的短读V3-V4，V4-V5或V5-V6扩增子的微生物分析研究相比，长读PACBIO测序技术提供全长16s / 18s /序列，实现更深的菌株欧宝体育官网网址-Level分辨群落成分和系统发育序列。基于NGS的16S及其RRNA测序方法的额外优点是它们提供了一种经济有效的技术，以鉴定可能无法使用传统方法发欧宝体育官网网址现的菌株。
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