CD基因组学提供PACBIO SMRT测序,以补充我们的NGS设施。欧宝体育官网网址通过利用PACBIO开发的长读和单一分子测序能力,我们很自豪能提供先进的基因组欧宝体育官网网址德诺维组装解决方案和全长基因/转录物测序策略,以满足您的项目需求。欧宝体育官网网址
PACBIO SMRT测序的引入欧宝体育官网网址
单一分子实时(SMRT)测序采用专用流动细胞,具有数千个单独的Pic欧宝体育官网网址olitre孔,透明底部 - 零模式波导(ZMW)。聚合酶固定在井的底部,并允许DNA链通过ZMW进行。结果,该系统可以专注于单个分子。SMRT测欧宝体育官网网址序允许与个体DNA模板分子合成的荧光标记的核苷酸的实时成像。当模板和欧宝体育官网网址聚合酶离解时测序反应结束。来自PACBIO仪器的平均读取长度约为2 kB,有些读数可能超过20kb。较长的读数特别有用德诺维新型基因组的组件可以跨越更多重复和碱基。
在真核和原基因中发现的高度重复元素对基因组组件构成挑战,并使重复序列的详细研究困难。长读取测序可提供超过欧宝体育官网网址几十只千碱基(KBS)的读数,这可以跨越具有单个连续读取的复杂或重复区域,从而允许这些大结构特征的分辨率。除了来自个体未复杂的分子的相当长且高度精确的DNA序列之外,还可以表现出甲基化碱的发生,从而提供有关由基因组编码的DNA甲基转移酶的功能信息。PacBio SMRT测欧宝体育官网网址序在研究中具有独特的优势德诺维基因组学,偏心组合,转录组织和表观遗传学。
PACBIO SMRT测序的优点欧宝体育官网网址
- 最长的平均读取长度
- 最高的共识准确性
- 统一覆盖范围
- 同时表观表征
- 单分子分辨率
- 快速且价格合理
我们的PacBio SMRT测序欧宝体育官网网址服务
我们利用先进的PACBIO SMRT仪器(PACBIO SR II和PACBIO续集),用于几种研究目的,包括全基因组德诺维基因组组装,全长靶序测序,偏心眼学研究,全长转录物测序和基因组DNA改性欧宝体育官网网址分析。我们经验丰富的专家团队在每次程序后执行质量管理,以确保自信和无偏的结果。
我们的生物信息学管道包括德诺维组装,基础修饰检测,单分子共识生成,转录分析,扩增子分析,序列对齐与变体检测。根据您的特定需求,提供更多的数据挖掘。
我们经验丰富的科学家和高级平台的支持,CD基因组学可以帮助您研究基因组学那ob 体育
那表观组织那微生物基因组学, 和单细胞测序欧宝体育官网网址。具有无与伦比的读取长度,均匀的覆盖率和高精度。如果您有其他要求或问题,请随时与我们联系。
1. PACBIO RS II和PACBIO续集之间有什么差异?
基于SMRT技术,PACBIO在2013年通过PACBIO发布了RS II系统,其中平均读取长度达到10 kB,最长的一个超过20 KB。续集是PACBIO的最新平台,也基于SMRT技术,但吞吐量和数据质量大大增加。
表1. PACBIO RS II和续集之间的比较。
参数 |
II卢比 |
续集 |
原则 |
SMRT. |
SMRT. |
平均读取长度 |
10-15KB. |
8-12KB. |
数据大小/ smrtcells |
500MB-1GB(750MB-1.5GB) |
5-10GB. |
最大输出/运行 |
18GB(24GB) |
160GB. |
运行时间/ smrtcell |
0.5-6小时 |
0.5-6小时 |
多路复用扩增子 |
384. |
1536. |
2.什么是尺寸选择?
PACBIO允许以单分子分辨率测序全长cDN欧宝体育官网网址A文库。但是,大多数成绩单都是1-1.5kb。由于低丰度,扩增偏差和较小的SMRTBELL构建体的优先负载,较长的转录物难以检测。因此,大小选择是大大增加转录物数量> 1.5KB的强大方法。这对转录物> 3kb尤为重要。对于降级的样品,不需要剪切,这可能进一步降低库插入尺寸,并且尺寸选择对于移除在组装中具有不那么有益的较短碎片是重要的。尺寸选择可以用琼脂糖凝胶或Bluepippin系统进行。此外,尺寸选择可用于全基因组德诺维欧宝体育官网网址测序。
3. DNA样品的要求。
通常,在提交DNA样本时需要采取以下预防措施:
- 确保DNA样品的纯化和完整性。
- 避免过度的DNA。
- 使用凝胶净化时,避免基于乙锭/紫外线的可视化。
- 避免过热和涡旋DNA。
- 经历最少的冻融周期。
- 双链DNA。
表2. DNA样品的估计产量和推荐量。
库插入大小 |
推荐的提交数量 |
需要最小浓度(剪切后) |
美东时间。总产量(范围) |
闵 |
最大限度 |
250bp. |
600ng |
250ng. |
60GB. |
125GB. |
500bp. |
600ng |
250ng. |
10 GB. |
20GB. |
1KB. |
1.2μg. |
500ng |
90GB. |
180GB. |
2KB. |
1.2μg. |
500ng |
45GB. |
90GB. |
5KB. |
2.4μg. |
1μg. |
45GB. |
91GB. |
10KB. |
2.4μg. |
1μg. |
20GB. |
45GB. |
10KB(Ampure套件) |
10μg. |
5μg. |
90GB. |
182GB. |
20KB(Ampure Kit) |
15μg. |
5μg. |
45GB. |
91GB. |
20KB(Bluepippin套件) |
15μg. |
5μg. |
9GB. |
18GB. |
4. RNA样品的要求。
请提供集成和纯化的RNA样品(RNA≥5μg;浓度≥300ng/μl),用于全长转录物测序。欧宝体育官网网址
参考:
Pacbio的网站