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纳米孔全长转录物测序欧宝体育官网网址

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纳米孔的引入

通过第三代测序克服了短读取的第二代排序数据组件和无法可靠地解析重复序列或大型基因组重排的复杂性欧宝体育官网网址,它们都产生了很长的读取(1-100kb),这与下一个不同发电测序。欧宝体育官网网址

2014年,牛津纳米孔技术以甲型的形式释放了纳米孔测序,手持式序列仪使用膜嵌入的生物纳米孔网。欧宝体育官网网址其中纳米孔坐下的膜提供两种离子溶液的分离,允许电流流过纳米孔。通过在螺旋酶之前向双链分子的一端添加发夹胶剂并通过纳米孔通道加入到模板上的电动蛋白质,通过纳米孔通道加入到模板上的电机蛋白质来制备长DNA分子。DNA可以一次通过孔一碱棘轮,核苷酸碱基源诱导穿过纳米孔的电流中的特性变化,所述纳米孔被翻译为基础呼叫。随着测序过程使欧宝体育官网网址用很少的稀释试剂,可以有效地继续运行直到实现令人满意的结果。

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主要特点和优点

1.稍长的含可长度(> 2 MB),

2. ONT COION提供非常高的吞吐量,因为纳米孔可以序列多个分子。

3. ONT数据生成的成本较低。

由于测序成本欧宝体育官网网址是TGS应用的重要障碍,因此相对较高的吞吐量和负担性使得对许多应用有望。欧宝官网app苹果下载

项目工作流程

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样本要求

  • 样品种类:人,大鼠,小鼠
  • 样品类型:血液,组织(<0.5cm3),细胞(3×106-1×107),RNA

确保您的RNA样本符合以下标准:

  • 平均片段大小:〜2 KB
  • 通过Qubit RNA HS Assay测量的输入质量:250 ng
  • 260:280比率〜2.0
  • 260:230比例为2.0-2.2
  • 缓冲液中没有洗涤剂或表面活性剂
欧宝体育官网网址测序策略

  • ont平台,图书馆:8k,
  • 2g / per样本
数据分析

  • 牛津纳米孔技术长读加工
  • 删除冗余
  • 找到融合抄本
  • 结构分析
  • 转录因子预测
  • lncrna分析
  • 基因功能辅助
  • SNP呼叫
  • 基因/转录物表达水平的定量和差异表达分析
  • 功能丰富分析
  • PPI(蛋白质蛋白质相互作用)

长读长度ONT对转录组研究非常有信息,特别是对于基因同种型识别。通过专业知识和奉献精神,CD基因组学的高级ONT平台和服务将成为您在全长成绩单测序中的最佳伴侣。欧宝体育官网网址请联系我们获取更多信息和详细报价。

参考:

  1. Weirather J L,Cesare M D,Wang Y等。太平洋生物科学与牛津纳米孔技术的综合比较及其在转录组分析中的应用[J]。欧宝官网app苹果下载F1000Research,2017,6:100。
*仅供研究使用。不用于诊断过程。
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