pan-genome：定义，排序方法和应用欧宝官网app苹果下载欧宝体育官网网址

PAN基因组简介

泛基因组（Pangenome或SugrAgenome）是分子生物学和遗传学中的所有菌株的整组基因。这是在更广泛的角度下的思工基因组的总和。泛基因组分为三个部分：含有在所有个体中发现的基因的“核心pangenome”，含有两种或更多种菌株中发现的基因的“壳Pangenome”，以及只有所看到的基因的“云pangenome”。一个菌株。一些作者将云基因组称为“辅助基因组”，其含有仅在菌株和菌株的子集中发现的“可分配的”基因。至少在植物基因组中，术语“可分配”已经受到质疑，因为辅助基因“在基因组进化中发挥着重要作用以及基因组和环境之间的复杂相互作用。”

下一代测序的出现允许更深入地对几种细菌菌株的多样性进行检查，欧宝体育官网网址从而扩大我们对物种概念的理解。在此之后，相同物种或属的成员之间的比较研究已成为鉴定两种或更多种物种之间共享的独特基因和基因的最常见方法，以及表征在所有单独的所有子项（同源基因）中共享的所有基因。该方法称为Pan-Genome，目前采用各种生物信息学工具以及各种计算方法来识别基因组数据和代表给定分类的一组基因。泛基因组研究及其各种技术甚至在真核生物，特别是人类中使用，以便更好地理解个体之间存在的遗传变异性。

欧宝体育官网网址牙科研究中使用的测序方法

单分子实时（SMRT）测序欧宝体育官网网址和纳米孔测序欧宝体育官网网址目前正在商业化单分子，长读技术。SMRT测欧宝体育官网网址序使得（1）栽培Pan-Genomes在物种中分类完全遗传多样性，（2）人口特异性参考基因组的创新，以促进近乎完全的微生物基因组和其质粒的促进药物和（3）构型用全基因组测序对De Novo组装进行单一实验。欧宝体育官网网址虽然还建立了基于短读取测序方法的方法，以提供远程单分子水平信息 - 例如，10X欧宝体育官网网址基因组学链接读取方法。

图1.对比较细菌基因组学的参考泛基因组方法。（Méric，2014）

欧宝官网app苹果下载Pangenome的应用

对于泛基因组分析，已经使用了各种生物信息工具，这有助于定义物种。通过分析所有基因组数据，重新定义物种并根据其基因组内容对其进行排序可能是可行的。自上年十年以来，泛基因组分析为研究人员铺平了普通疫苗的方式，可以保护物种中的所有菌株或甚至针对几种相关物种。

通过基因组测序技术的最新进展，致病泛基因组学的领域已经彻底改变，这也影响了水上农场的疾病管理。欧宝体育官网网址通过对基因组衍生的水生病病原体的常规泛基因组分析，以及发病机制，即使是流行病学尺度的病原体传递的估计模式，将推导出水生细菌病原体菌株的系统多样性和可能的​​进化趋势。

参考：

1. Sherman RM，Salzberg SL。人类基因组时代的泛基因组学。自然评论遗传学。2020年4月21日（4）。
2. Tiwary BK。进化泛基因组学与应用。欧宝官网app苹果下载inpan-genomics：申欧宝官网app苹果下载请，挑战和未来前景2020年1月1.学术出版社。
3. Méricg，yahara k，mageiros l，等。对比较细菌基因组学的参考泛基因组方法：鉴定致病弯曲杆菌的新型流行病学标志物。普罗斯一体。2014年3月27日; 9（3）。