CHIP-SEQ：外膜元族的多功能工具

什么是芯片seq？

芯片SEQ.是DNA结合蛋白，组蛋白修饰或核肉的基因组分析最重要的技术之一。它提供更高的分辨率，噪音较少，覆盖范围比芯片芯片更高。CHIP-SEQ将下一代测序（NGS）与染色质免疫沉淀相结合。欧宝体育官网网址CHIP-SEQ已被用作表观囊肿的多功能工具。一方面，它可以检测组蛋白修饰;另一方面，它可以揭示DNA-蛋白质相互作用体内。这对于解密基因监管网络至关重要，允许充分了解转录调节。

Chip-SEQ对外延蛋白映射的贡献

1.转录因子绑定图
解密基因监管网络，使各种生物过程提出

2.组蛋白修改图
如甲基化，三甲基化，乙酰化，ETC。

3.核小体图
揭示核体在转录调节中的作用。

芯片SEQ如何工作？

在芯片实验中，DNA结合蛋白与DNA交联体内通过甲醛处理，并将染色质剪成200-600bp碎片。在不交联的情况下消化的微息肉核酸酶（MNASE）消化通常用于将染色质片段分段，因为MNA酶处理比超声处理更有效地除去连接剂DNA。然而，发现MNASE消化具有更明显的序列偏压。对感兴趣蛋白质的抗体用于免疫沉淀。抗体的质量非常重要，无法产生高价值芯片或芯片SEQ数据。随后，逆转交联，DNA被释放用于NGS文库制剂。首先将免疫沉淀的DNA进行尺寸选择（通常在150-300bp范围内）。最后，在NGS平台上产生芯片SEQ数据，例如Illumina平台。增加的测序深度使得能够检测欧宝体育官网网址更罕见的位点。

非组蛋白芯片-SEQ和组蛋白芯片-SEQ

芯片SEQ可根据芯片步骤中使用的抗体分为非组蛋白芯片-SEQ和组蛋白芯片SEQ。

芯片SEQ的生物信息学管道

需要处理原始序列以解释芯片-SEQ实验。

（i）过滤质量差的读数

首先，有必要去除质量良好的读取和污染物，以及修剪适配器序列。

（ii）将读取对齐至基因组

其次，使用BWA，Bowtie，GSNAP或维基百科列表对齐对基因基因组。

（iii）滤波器伪像，读取与多个站点对齐

第三，在PCR放大步骤中创建的滤波器伪像，并读取与多个位置对齐。

（iv）峰呼叫

包括Mac，Peakseq和ZinBA的工具可以识别信号富集的基因组区域，例如结束蛋白质，组蛋白改性或开放的染色质。可以使用Edger，Deseq，Bayseq或Samseq实现差分峰呼叫。