什么是hla?
人白细胞抗原(HLA)是主要组织相容性复合物(MHC)的人类版本。MHC是一组细胞表面蛋白质,对于获得的免疫系统,以识别脊椎动物中的外源分子,这决定了组织代表性。HLA在体内的所有成核细胞上发现。每个人都有一套独特的HLA,半派对从每个父母派生。
图1.人白细胞抗原(HLA)区的基因图(Berlingerio等。2009))。
HLA由染色体6种以上200个基因组成,分为三个主要组:HLA I类,HLA II类和HLA第II级。HLA类I基因,包括HLA-A,HLA-B,HLA-C,HLA-E,HLA-F和HLA-G,产生与几乎所有细胞的细胞表面上的肽结合的蛋白质。HLA类我可以识别出外部分子并触发受感染的细胞以自毁。HLA类II基因,包括HLA-DPA1,HLA-DPB1,HLA-DQA1,HLA-DQB1,HLA-DRB1,HLA-DMA,HLA-DMB,HLA-DOA和HLA-DOB,使得几乎完全存在的蛋白质在某些免疫系统细胞的表面上。MHC类I和II类蛋白质均显示给免疫系统的肽。然而,由MHC III类基因产生的蛋白质略微不同。它们可能参与免疫系统活动,如炎症。一些HLA基因具有未知的功能。
HLA的临床意义
HLA基因有许多变化。例如,HLA-B27具有数百个已识别的等位基因。它们的高度多态性允许个体的免疫系统响应各种外来入侵者,并且特定的版本可能与人类疾病有关。
据报道,已有超过100个疾病与HLA基因的不同等位基因相连。许多疾病,如紧张脊柱炎,肝病,异常免疫功能,以及某些类型的癌症已与特定的HLA等位基因有关。
移植或组织的移植或输血的成功与供体 - 受体对的HLA系统密切相关。当供体的细胞表面分子与受体上存在的细胞表面分子不同时,HLA系统的抗原引发了强免疫应答,因为它们可以通过免疫系统直接或间接地识别(图2)。直接途径涉及直接识别存在于供体抗原呈递细胞(APC)和免疫纯T细胞的活化的HLA分子。间接途径涉及通过宿主APC处理和呈递供体衍生的HLA肽,其在携带存储器T细胞中更有效地操作。
图2。异种识别(棕色和纳瓦拉特2011)。
HLA打字
由于HLA系统涉及抑制异物和组织,因此HLA打字在临床设施中变得重要,这允许在移植或输血后预测免疫应答。除此之外,HLA键入还用作临床诊断的形式,以鉴定特定疾病的标志物,例如强直性脊柱炎。HLA键入有两种主要方法,即HLA抗体检测和HLA多态性的检测。
图3.利用Luminex技术和HLA键入的不同DNA的方法(Picascia等。2016)。
HLA抗体已在大约20%的多种妇女和30-50%的多转药患者中发现。检测HLA抗体有三种主要方法,包括常规血清学细胞毒性方法,流式细胞术和固相技术。
在该方法中,磁珠用于分离来自血液或脾脏的HLA类II的B淋巴细胞。剩余的白细胞可用于HLA类I打字。然后将淋巴细胞加入到塔斯卡基板上,该板保持含有各种特异性抗体的个体孔。如果特异性抗体和HLA抗原结合,那么井中的细胞将死亡。该方法不能分化HLA和非HLA细胞毒性抗体。
这里将新鲜的核细胞添加到用荧光分子标记的单克隆抗体中。具有表面HLA抗原的细胞与抗体荧光结合,可以通过流式细胞仪通过激光束来检测。
涂有特异性HLA抗原的含氟染料聚苯乙烯珠粒与患者的血清一起孵育,并通过使用PE缀合的Fc特异性抗体来开发反应。该方法比血清学细胞毒性方法和ELISA更敏感,但尚未明确定义敏感性增加的临床益处。
随着聚合酶链反应(PCR)的发展,由于它们的精确度和再现性以及增强的敏感性和分辨率,基于DNA的技术在键入实验室中占主导地位。基于DNA的技术包括PCR序列特异性引物(SSP),PCR序列特异性寡核苷酸(SSO),实时PCR,基于序列的键入(SBT)和下一代测序(NGS)。欧宝体育官网网址
NGS也称为高通量测序,逐渐成为HLA的最喜欢的方法,用于其准确性,高欧宝体育官网网址吞吐量和急速。NGS的最大优势涉及消除与SBT相当的成本的含糊不清,而无需额外的测试。NGS过程涉及从细胞和扩增的DNA分离,DNA文库制备,使用乳液或固相PCR,DNA测序的键入和对基因库数据库的序列对准来编码HLA肽的基因的靶向扩增,例如国际免疫原性欧宝体育官网网址项目/人白细胞抗原(IMGT / HLA)数据库。基于高通量测序的HLA键入已广泛欧宝体育官网网址用于临床诊断,治疗和个性化医学。
图4. HLA键入的NGS过程。
表1. NGS HLA键入软件(适应4. Hosomichi等。2015)。
HLA键入软件 | URL. | 读类型 | 参考 |
汉莱 | http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/haminer. | WGS / WES / RNA-SEQ / AMPLICON | 沃伦RL.等等。 |
seq2hla. | http://tron-mainz.de/tron-facities/computational-medicine/seq2hla/ | RNA-SEQ. | Boegel S.等等。 |
运动员 | https://www.broadintitute.org/scientific-community/science/projects/viral-genomics/thalates. | WGS / WES / AMPLICON | 刘C.等等。 |
OptiCitype. | http://omictools.com/optitype-s6206.html. | WGS / WES / RNA-SEQ | Szolek A.等等。 |
Hlaforest. | http://code.google.com/p/hlaforest. | RNA-SEQ. | 金HJ.等等。 |
伯 | https://sites.google.com/site/projecthlat/ | WGS / WES / RNA-SEQ | 白y.等等。 |
相位定义的HLA测序欧宝体育官网网址 | https://p-galaxy.ddbj.nig.ac.jp. | 扩增子 | Hosomichi K.等等。 |
Hlareporter. | http://paed.hku.hk/genome/software.html. | WGS / WES. | 黄玉等等。 |
HLA-VBSEQ. | http://nagasakilab.csml.org/hla/ | WGS. | Nariai N.等等。 |
HLassign. | http://www.ikmb.uni-kiel.de/resources/download-tools/software/hlassign. | 序列捕获 | Wittig M.等等。 |
分配ATF(Conexio基因组学) | http://www.conexio-genomics.com | 扩增子 | - |
omixon target hla(omixon) | http://www.omixon.com/hla/ | WGS / WES / AMPLICON | 主要E.等等。 |
Ngsengine(Gen DX) | http://www.gendx.com/products/ngsengine. | 扩增子 | - |
宝石(Scisco Genetics) | http://sciscogenetics.com/services/integrated-genotyping-system/ | 扩增子 | - |
HLASCAN. | http://www.genomekorea.com/display/tools/hlascan. | WGS / WES / RNA-SEQ / AMPLICON | KA S.等。 |
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