什么是16s rrna？
16.S.核糖体RNA（或16S.RRNA）是30S小核糖体的30S小亚基的组分，大约1500个碱基对。图1A显示了16S rRNA如何参与原核核糖体。细菌16s rRNA基因含有九个高变区域（V1-V9），范围为30-100碱基对，由保守区域侧翼（图1c）。您可以在数据库中找到16S RRNA序列，如核科核糖组织项目（RDP），Greengenes数据库，Silva和人类微生物组项目（HMP）。
| （一种） | （b） |
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| （C） | |
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图1. 16S rRNA基因。（a）16S rRNA基因参与原核核糖体。（b）16S rRNA基因的2D和3D结构。各个区域以相同的颜色显示（杨等。2016）。（c）16S rRNA的区域和引物。
16s rRNA作为分子标记
16S rRNA基因的特征在于ubiquity和进化性质，使其使其成为微生物生态学中的重要分子标记。Carl Woese和George E. Fox在系统发育中使用了16S rRNA的使用。据杨等。（图2），红色区域（V2和V8）在门udals下具有差的系统发育分辨率。绿色区域（V4，V5和V6）与最短的测地距相关联，这意味着它们可能是系统发生相关分析的最佳选择，包括新型细菌的系统发育分析。
图2.不同可变区的插图（杨等。2016）。
16S RRNA测欧宝体育官网网址序
由于16S RRNA基因在细菌中保存，并且含有可以提供特异性特异性序列的高变区域，因此广泛用于鉴定细菌和系统发育研究的16S rRNA测序。欧宝体育官网网址16S RRNA测欧宝体育官网网址序以快速，成本效率和高精度为特色。它已广泛应用于基础研究，以及医疗，法医，农业和工业微生物学。
图3.人类微生物组分析16S rRNA测序的工作流程。欧宝体育官网网址
16S RRNA测欧宝体育官网网址序通常使用下一个/第三代测序技术来读取具有16S或几个区域的合适的通用引物扩增的PCR产物。16S rRNA测序的欧宝体育官网网址常见测序平台包括Illumina Miseq，Roche 454，Illumina Miseq / Hiseq和Pacific Bioscience。前三个平台只覆盖每单人读取100到600个碱基对，而太平洋生物科可以生产全长16s rRNA。
表1.各种平台的共同16S RRNA测序区域。欧宝体育官网网址
| 平台 | 常见排序区域欧宝体育官网网址 |
| Illumina Miseq. | V3-V4，约428 bp |
| Roche 454. | V1-V3，约510 bp; V3-V5，大约428 bp; V6-V9，约548 BP |
| Illumina Hiseq. | v4，约252 bp |
| 太平洋生物科学 | V1-V9（全长），大约1500 bp |
16S rRNA测序的优点和应欧宝官网app苹果下载用欧宝体育官网网址
- 细菌种类的识别和分类学分类
- 发现新的病原体
- 系统发育分类
- 细菌种群的Metagenomic调查
- 临床微生物学
参考：
- 案例R J，Boucher Y，Dahllöfi，等。使用16S rRNA和RPOB基因作为微生物生态学研究的分子标记。应用和环境微生物学，2007,73（1）：278-288。
- 杨B，王Y，Qian P y。气候发育分析中16S rRNA基因中高变区的敏感性和相关性。BMC生物信息学，2016,17（1）：135。
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