CD基因组学博客

ob 体育 对研究人员来说是重要的，因为他们帮助我们了解蜂窝机械如何将基因组序列解释和改变这些序列。它们也需要很多功能分析。不可能进行RNA-SEQ研究以探索差异基因表达或预测哪种蛋白质存在于组织或生物中而没有适当的转录组注释。

现在，测序技术已经欧宝体育官网网址前进到它可能很快可以产生高质量的基因组参考和转录组注释，以获得大量更广泛的生物，包括单细胞真核生物，其成本低于以前可能的成本。虽然基因组很快将组装成具有合理可靠性的染色体尺寸的支架，但技术限制可预防从这些染色体表达的基因和同种型的转录组注释技术。

现在可以使用诸如短读取测序，链接的短读取测序，长读取测序和光学映射等技术的组合来构建高质量的'CentroMere-to-Telomere'基因组序列。欧宝体育官网网址而基因组组装现在进入黄金时代。从单细胞真核生物到北极熊的非模型生物将从这些强大且相对廉价的方法受益匪浅，以前缺乏产生高质量基因组所需的注意力和大笔资金参考古老的方法 - 染色体地图，Sanger测序欧宝体育官网网址细菌人工染色体图书馆等。

这些基因组装配突破的大部分不适用于转录体注释。现在使用短读取的测序技术用于转录组注释，然欧宝体育官网网址而，它们都具有缺陷，使得实现耗时和通常困难的“参考水平”转录组注释。

用于同种型的全长转录ome测序工作流程欧宝体育官网网址

300 ng总RNA用于同种型测序。欧宝体育官网网址在选择聚RNA之后，将其转化为cDNA，用于制备文库组件。此外，最多可以复用12个样本以用于简化，经济高效的方法。

在获得测序数据之后，欧宝体育官网网址选择由cDNA引物和聚尾的读取作为全长读取。然后可以通过转录同种型对读数进行分组，以产生独特的共识。

然后可以将同种型映射到参考基因组，并且可以使用SQANI和MAKER等工具以基于参考的方式向同种型注释。来自PACBIO的ISO-SEQ分析功能按钮生物信息学程序，用于处理同种类数据，而无需参考基因组或DE Novo方法的注释。

欧宝官网app苹果下载全长转录物测序的应用欧宝体育官网网址

基因组注释是第一次应用全长转录序列。这在植物和动物科学中特别有用，其中基因组经常比人类基因组更复杂，并且参考质量基因组组件可能仍然是昂贵的。

全长转录人还有助于在难以识别的人类中表征基因，这是由于节段性重复而难以识别。研究人员在大脑中表达了19个基因家族，并发现了近一半表达的基因复制品因其祖先模型而变化，由于新的转录起始，剪接和多腺苷酸化位点。

其他人使用全长RNA测序以以类似的方式分析替代剪接和多腺苷酸化曲线，但在物欧宝体育官网网址种之间这一时间。

参考

1. 高X，guo f，chen y，等。全长转录组分析为药用当归中的早期螺栓突破性提供了新的见解。科学报告。2021年6月21日; 11（1）。
2. 他Z，苏y，王T.脑筋膜四种不同组织的全长转录分析。国际分子科学杂志。2021年1月22日（2）。
3. BYRNE A，COLE C，Volden R，Voldmers C.实现全长转录组测序的潜力。欧宝体育官网网址皇家学会的哲学交易B。2019年11月25日; 374（1786）。