近年来，越来越多的研究开始评估不同采样技术对粪便微生物组评估结果的影响，以解决微生物组研究领域尚未满足的需求。这些方法学研究有助于研究人员制定合理的粪便取样、处理和测序程序指南。欧宝体育官网网址
图1所示。从粪便收集到测序的简短工作流程。欧宝体育官网网址(弗里克,2019)
收集粪便样本前的程序
由于有各种宿主和环境变量会影响我们的肠道微生物组，微生物组研究布局应考虑微生物组相关临床数据库的汇编。这些变量包括年龄、性别、出生记录、种族、地理位置、职业、人体测量学、饮食习惯、益生菌/益生元的使用、食物补充剂、排便习惯状况、抗生素使用背景以及其他相关的用药史和手术史。即便如此，由于与肠道微生物群相关的宿主和环境因素不断以快速的速度修正，这些数据库收集可能是指南标准化中最不确定的部分。最近，专家们发现，随着宿主的昼夜循环，肠道微生物群的序列会发生变化，甚至宠物的主人，以及人类的互动频率，都会影响微生物群。因此，记录所有可能与微生物相关的医学证据可能是低效的，因为有效性和数据收集的实用性都至关重要。例如，虽然已经证实短期的营养变化可以显著改变肠道微生物群，但在大多数医疗条件下，可能不太可能密切重复地检索营养文件。因此，假设驱动方法是元数据收集的有效方法。
粪便样本集合
采集标本的一个关键因素是，粪便可以被收集并作为下肠(远端结肠)微生物组的替代品，用于胃肠道微生物组的研究，因为大多数宿主相关微生物都存在于胃肠道。在许多情况下，如在临床环境中，可以通过拭子或批量收集粪便标本，然后立即在20°C或更低的温度下冷冻，以避免细菌多样性的改变，直到DNA提取完成。然而，对于在偏远地区采集的或需要交付的标本，可能不可能在20°C或更低的恒定温度下采集。
收集新鲜粪便标本的一般概念如下:
1.防止冻融循环:众所周知，冻融循环是导致粪便标本DNA恶化的主要因素，这可能导致宏基因组DNA质量差和下游的倾斜评估。
2.防止温度的反复波动:温度的剧烈变化对许多细菌的粪便标本是巨大的压力，可以破坏微生物，加剧DNA的恶化。
3.缩短运输时间:应缩短运输周期，避免不必要的微生物发展和下降。冷库能较好地延长运输时间。
欧宝体育官网网址测序方法
通过肠道菌群的传播，微生物组研究正逐步转化为医学应用。欧宝官网app苹果下载在过去的几年里，在极其迅速的发展中，大量研究粪便微生物群和人类健康之间的双向神秘相互作用的研究被公布出来。这与预算的增长有关下一代测序(门店)欧宝体育官网网址这样一来，通过一次仪器操作就可以轻松获取大量的DNA指纹数据，从而解码粪便标本中的各种细菌群落。然而，关键是要记住是否宏基因组评估实验是在进行昂贵的高通量测序之前，从可靠的粪便标本保存程序中获得的。欧宝体育官网网址由于粪便收集工具、运输状态、储存状态、DNA提取过程等都会对标本质量产生一定影响，建议谨慎最大化粪便采样管道，以获得大的宏基因组DNA，进行无偏性NGS和生物信息学分析。
参考文献
- Fricker AM, Podlesny D, Fricker WF。基于测序的微生物组研究有什么新的和相关的?欧宝体育官网网址本文着重。高级研究杂志。2019年,19岁。
- 吴伟坤，陈聪，潘耀德S，等．优化粪便样品处理微生物组研究-从卫生间到工作台的旅程。台湾医学杂志。2019,118(2)。
- Song SJ, Amir A, Metcalf JL，等．保存方法因粪便微生物稳定性的不同而不同，影响了野外研究的适用性。MSystems．2016年,1(3)。
- 吴建军，王志强，王志强，等。粪便微生物组生物标本采集方法的比较。BMC微生物学。2014年,14(1)。
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