RIP-SEQ - 映射蛋白质RNA复合物的结合位点并解释表观遗传调控

细胞内的分子彼此连通，以执行正常的细胞功能。生物分子可以彼此形成复合物以进行特定作用。已知RNA和蛋白质是相互作用，形成核糖核蛋白或RBP的复合物，其在转录后改性和调节中是重要的，例如RNA切割，运输，定位，序列编辑和其他平移控制。这些核糖核蛋白的结合位点的分析可用于理解细胞中发生的转录和表观遗传调节。从这些研究中收到的信息可用于确定在发现新颖和有效的药物目标中的疾病目标和发展。

免疫沉淀用于通过使用特定蛋白质抗原与其相应的抗体之间的结合的特异性来分离蛋白质抗原。然后可以在微阵列中分析结果。该技术还可用于沉淀与RNA（RIP芯片）接触的蛋白质。另一个相关技术是RNA免疫沉淀序列或RIP-SEQ欧宝体育官网网址。RNA代替分析与RNA结合的蛋白质是RIP-SEQ的靶标。使用高通量测序技术测序RNA组分。欧宝体育官网网址RIP-SEQ将蛋白质RNA复合物的结合位点映射并提供蛋白质结合RNA的单碱基序列。

RIP-SEQ通常用于研究核糖核蛋白的表观遗传和转录组织对照。已知揭示两种生物分子在基因组范围内的相互作用。它是由Keene等人开发的RIP芯片技术进行发明。1999年。它相对较短，简单的议定书不需要使用复杂的实验室设备。RIP-SEQ分析的成功依赖于免疫沉淀步骤的适当优化，因为它决定了治疗的严格性，以确保RNA组分未损坏并且RNA和蛋白质之间的结合位点不会被破坏。

图1. RNA免疫沉淀测序协议工作流程。欧宝体育官网网址（Gagliardi，2016）

在RNA免疫沉淀测序期间，用相应的抗体沉淀靶RNA-蛋白质复合欧宝体育官网网址物。然后进行RNase消化以除去不与蛋白质接触的额外RNA序列。然后将所得RNA提取并反转转录到cDNA，然后将其测序并映射回基因组。该方法可用于研究具有高分辨率的特异性RNA蛋白质复合物直接与蛋白质结合的RNA序列。

RIP-SEQ已被用于不同的研究，以了解细胞内的级联活动。WERFEL，等。使用这种技术来研究MicroRNAS（miRNA）的活动。它们能够证明哺乳动物miRNA的活性受到对特定3'区域的优先结合的影响，从而为潜在靶标的调节铺平道路。贝尔坦尼，等。使用该技术研究WIG-1的行为，一种结合和调节多个MRNA表达的RNA结合蛋白。他们的研究表明，用于假发-1的新型结合位点和它们的结果和应力反应之间的潜在相关性和肿瘤抑制。

RIP-SEQ技术在与表观和转录控制有关的不同研究中证明了其有用性。它提供了可用于预测靶MRNA的RNA结合蛋白的特定结合机制的视图。它也可用于研究疾病发展，包括癌症和设计新的治疗剂。

参考：

1. Bersani，C.，等。基因组通过RIP-SEQ分析对WIG-1 mRNA靶标的鉴定。oncotarget.，2015,7（2）。
2. Nicholson，C.O.，Friedersdorf，M.，Keene，J.D.定量使用DO-RIP-SEQ转录的RNA结合位点。RNA Journal.，2016,23（1）。
3. Wessels，H.，Hirsekorn，A.，Ohler，U.et.AL.，N.使用RIP-SEQ识别RBP目标。分子生物学的方法，2016年。
4. Gagliardi M.，Matarazzo M.R. RIP：RNA免疫沉淀。在：Lanzuolo C.，Bodega B.（EDS）Polycomb组蛋白。分子生物学的方法，2016年。